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statisticien d'enquêtes ELFE
Publiée le 18/04/2017 18:35. Référence : ELFE Statisticien.
CDD, Paris 20e.
Entreprise/Organisme : INED
Niveau d'études :Master
Date de début : Dès que possible
Durée du contrat : 1 an renouvelable
Secteur d'activité : Recherche publique
Description : Rattaché hiérarchiquement à la directrice de l’Unité mixte Elfe, le statisticien aura pour mission l’application des méthodes statistiques les plus adaptées pour le traitement des données de l’enquête Elfe, en collaboration avec les membres de l’Unité (chercheurs, biostatisticiens, pôle de gestion des données) et les ingénieurs de l’Ined (service des enquêtes, service des méthodes statistiques), préalablement à leur diffusion auprès de la communauté scientifique chargée de leur analyse.
En savoir plus :http://www.elfe-france.fr
STATISTICIEN ENQUETES ELFE.pdf (90,15 Ko)
Contact :catherine.guevel@ined.fr
Le CHU de Montpellier recherche un statisticien
Publiée le 18/04/2017 18:34.
CDD, Montpellier.
Entreprise/Organisme : Département d'Epidémiologie Biostatistiques et Information médicale - CHU de Montpellier
Niveau d'études :Master
Date de début : juin 2017
Durée du contrat : CDD avec évolution possible
Secteur d'activité : Santé - Epidémiologie - Evaluation
Description : Le poste est situé dans l'Unité d'Evaluation des Bases Nationales d'activité hospitalière, dans le Département d’Information Médicale du CHU de Montpellier. Elle est constituée de : - un médecin épidémiologiste - un Ingénieur informaticien - un ingénieur statisticien L'unité a pour mission le traitement de bases de données hospitalières pour le compte de la Base Inter-CHU (Ensemble des CHU français) et de la Fédération Hospitalière de France. L'Unité est inclue dans le DIM et travaille en collaboration : - avec les représentants des DIM des autres CHU français - avec les représentants de la Fédération Hospitalière de France - avec les autres équipes du DIM (Informatique, PMSI, Recherche Clinique). Missions de l'Unité : • Fournir aux établissements hospitaliers, par le traitement statistique des données d'activité hospitalière et le développement d'indicateurs pertinents, les éléments de réflexion nécessaires à l'organisation et la défense de leur activité : en interne, dans le tissu sanitaire régional et national. • Répondre aux demandes ponctuelles des conférences des CHU (Présidents de CME, Directeurs Généraux), ou de la Fédération Hospitalière de France, en vue d'enrichir leur argumentaire sur les questions d'actualité impactant les établissements hospitaliers publics. • Les principales bases traitées sont constituées des fichiers d'enregistrements PMSI (Court séjour et Soins de Suite et de Réadaptation). • L'unité prend en charge : o la gestion de la Base d'activité des CHU : Traitements pluri annuels (réguliers ou études spécifiques) des données du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information des établissements et mise à disposition des résultats sur le site internet de la Base Inter-CHU o la gestion de la Base Nationale d'activité des établissements français (convention avec la FHF) : traitements statistiques entrant dans le cahier des charges prévu par la convention • Développer des études de recherche en épidémiologie hospitalière, répondre à la demande d’étude des CHU. Profil souhaité : • Formation en mathématiques et statistique (master 2 ou plus ou diplôme d'ingénieur dans la spécialité) • Très bonne maîtrise des méthodes d’analyse multivariée (notamment modèle linéaire, modèle linéaire généralisé, modèle mixte). Une expérience dans l'analyse temporelle et/ou spatiale serait un plus • Bonne maîtrise des méthodes de data mining, analyses de données (classifications, arbres de décision et forêt aléatoires, méthodes factorielles, règles d'association…). • Expérience dans la réalisation d'études portant sur de grandes masses d'informations, du recueil au traitement. Un plus serait une expérience sur les grandes bases de données hospitalières • Très bonne maîtrise de la programmation en environnement SAS (langage Macro, SQL et modules graphiques) et R. La maitrise d’outils SIG et logiciels de cartographie serait un plus. • Qualités requises : rigueur, esprit d’analyse, de synthèse et d’initiative, sens des responsabilités, autonomie et organisation dans le travail, bonne aptitude au travail en équipe multidisciplinaire. Missions du statisticien : • Participation à la réalisation de travaux de recherche en évaluation et épidémiologie hospitalière et péri-hospitalière : développement de méthodologies d'analyse statistiques et d'indicateurs d'activité innovants, incluant l'utilisation et/ou le développement de modélisation mathématique. • Participation au développement des programmes de traitements réguliers des Bases traitées • Participation à la rédaction d'articles scientifiques, communications en congrès • Recherche documentaire (traitements réguliers), recherche bibliographique (études spécifiques) Liaisons fonctionnelles : - Membres de l'unité - Membres des autres unités du DIM - Médecin DIM des établissements de la Base CHU - Représentants de la FHF Statut : ingénieur hospitalier Contrat : CDD de 6 mois avec possibilité d’évolution
En savoir plus : Fiche_poste_Statisticien.pdf (157,87 Ko)
Contact :f-seguret@chu-montpellier.fr
Postdoctoral position in statistical learning for biology
Publiée le 14/04/2017 16:42. Référence : Postdoctoral position in statistical learning for biology.
CDD, Institut Imagine, 75015 Paris.
Entreprise/Organisme : Institut Imagine, INSERM u1163
Niveau d'études :Doctorat
Date de début : dès que possible
Durée du contrat : 1 an renouvelable
Secteur d'activité : biologie, statistique, mathématique
Description : Context Imagine is an interdisciplinary research center focused in human genetic diseases with the ultimate goal of improving clinical care through the provision of new diagnostic tools and new therapeutic solutions. Imagine is affiliated with the Université Paris Descartes (Sorbonne Paris Cité), the INSERM French National Institute for Medical Research and the Paris Public Hospitals Group (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris). The Institute is currently composed of 25 labs and 3 associated labs in various fields including genetics, immunology, infectious diseases, hematology, clinical bioinformatics... The project is conducted at the interface of the human lymphohematopoiesis laboratory (Imagine Institute) headed by M Cavazzana and I André-Schmutz and the cell and gene therapy laboratories (Necker’s hospital) headed by M Cavazzana. This is an interdisciplinary project at the interface between clinic, biology and statistical modeling which is conducted by E Six a senior research fellow, in close collaboration with A Guilloux, professor at the Laboratory of Mathematics and Modeling (Genome and Statistics team, LaMME, UEVE - Paris Saclay, France). Gene therapy by ex vivo transduction of haematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) harvested from diseased individual is more and more used as treatment for severe, cell-intrinsic, inherited defects of the lymphohaematopoietic system (primary immune deficiencies, hemoglobinopathies). The therapeutic vector (retrovirus) integrates into the genome at unique position in each hematopoietic stem and progenitors cell, subsequently transmitted to all its progeny i.e. all circulating blood cells. The analysis of integration sites (IS) thus allows to understand the hierarchy of human haematopoiesis and the impact of the disease on haematopoiesis. Beside fundamental discoveries, the knowledge generated by these studies will help us to actively implement new treatment protocols. Project description Several studies have highlighted murine hematopoietic stem cell (HSC) heterogeneity using single cell transplantation, clonal tracking barcoding analysis as well as RNAseq single cell analysis. We propose to develop new approaches to decipher the hematopoietic hierarchy in the human system and explore the dynamic of the thymus. The follow-up of gene therapy trials give us the unique opportunity to track progenitor cells and their descendants through deep sequencing analysis of retroviral integration sites (IS) through LM-PCR and Illumina sequencing using a new INSPIIRED pipeline (collaboration with F Bushman, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA). In the context of human gene therapy trials conducted in Necker biotherapy department for Wiskott–Aldrich syndrome, beta-hemoglobinopathies and for X-linked severe combined immune deficiency, we have already isolated and identify more than 100 000 retroviral integration sites (IS) in the genome of circulating blood cells. In initial analysis, using clustering algorithms (Kmeans and Latent Dirichlet Allocation, LDA), we identified different groups of IS clones corresponding to different human hematopoietic differentiation programs with different levels of contribution to the myeloid and lymphoid lineages. The aim of the project is to develop models and associated statistical methods and algorithms to further understand human hematopoietic differentiation programs and hierarchy, and to dissect human T cell dynamic Expected skills The ideal candidate would combine - A PhD in statistics or biostatistics or bioinformatics - Good programming skills (R, Python). - Strong knowledge of statistical learning - Prior experience in statistical modeling - Interest/skills in biological data analysis We offer 1 year renewable contract Salary depending on experiences http://www.institutimagine.org/fr/recrutement.html How to apply Interested candidates should submit a motivation letter, detailed CV and names /e-mail addresses of two referent persons to Dr. Sarah Enouz (sarah.enouz@institutimagine.org). Selected publications 1. Berry B*, Nobles C*, Six E*, Wu Y*, Malani N*, Sherman E*, Dryga A*, Everett J, Male F, Bailey A, Bittinger K, Drake MJ, Caccavelli L, Bates P, Hacein-Bey-Abina S, Cavazzana M, and Bushman FD. INSPIIRED: quantification and visualization tools for analyzing integration site distributions. Mol Ther Meth Clin Dev. In press. 2. Sherman E*, Nobles C*, Berry B*, Six E*, Wu Y*, Dryga A*, Malani N, Male F, Reddy S, Bailey A, Bittinger K, Everett J, Caccavelli L, Drake MJ, Bates P, Hacein-Bey-Abina S, Cavazzana M, and Bushman FD. INSPIIRED: a pipeline for quantitative analysis of sites of new DNA integration in cellular genomes. Mol Ther Meth Clin Dev. In press. 3. Cavazzana C, Six E, Lagresle-Peyrou C, André-Schmutz I, Hacein-Bey-Abina S. Gene therapy for SCID-X1 : Where do we stand ? Human Gene Therapy. 2016 Feb;27(2):108-16. 4. Hacein-Bey Abina S, Gaspar BH, Blondeau J, Caccavelli L, Charrier S, Buckland K, Picard, C, Six E, Himoudi N, Gilmour K, McNicol A, Hara H, Xu-Bayford J, Rivat R, Touzot F, Mavilio F, Lim A, Treluyer J, Héritier S, Lefrere F, Magalon J, Pengue-Koyi I, Honnet G, Blanche S, Sherman EA, Male F, Berry C, Malani N, Bushman FD , Fischer A, Thrasher A, Galy A, Cavazzana M. Clinical benefit of Gene Therapy in Severe Wiskott-Aldrich Syndrome Patients. JAMA. 2015. 313(15):1550-63. 5. Hacein-Bey-Abina S, Pai SY, Gaspar HB, Armant M, Berry CC, Blanche S, Bleesing J, Blondeau J, de Boer H, Buckland KF, Caccavelli L, Cros G, De Oliveira S, Fernández KS, Guo D, Harris CE, Hopkins G, Lehmann LE, Lim A, London WB, van der Loo JC, Malani N, Male F, Malik P, Marinovic MA, McNicol AM, Moshous D, Neven B, Oleastro M, Picard C, Ritz J, Rivat C, Schambach A, Shaw KL, Sherman EA, Silberstein LE, Six E, Touzot F, Tsytsykova A, Xu-Bayford J, Baum C, Bushman FD, Fischer A, Kohn DB, Filipovich AH, Notarangelo LD, Cavazzana M, Williams DA, Thrasher AJ. A modified γ-retrovirus vector for X-linked severe combined immunodeficiency. N Engl J Med. 2014; 371(15):1407-17.
En savoir plus :http://www.institutimagine.org/fr/recrutement.html
Biostatistics_PosDoc_Position.pdf (126,85 Ko)
Contact :sarah.enouz@institutimagine.org
Modeling fruit quality build-up and technical ability to drying of mangoes
Publiée le 14/04/2017 10:03.
Thèse, Saint-Pierre (Réunion).
Entreprise/Organisme : Cirad
Niveau d'études :Master
Sujet : Modeling fruit quality build-up and technical ability to drying of mangoes according to fruit gowth and storage conditions. Toward an optimised management of fruit quality for mangoes consumedas a fresh product or dried
Date de début : sept/oct 2017
Durée du contrat : 3 years
Secteur d'activité : Agronomy
Description : ABSTRACT The PhD proposal is part of a research project (Interfaces) which deals with the interface between raw material production and processing. With mango fruit as a study case, the PhD proposal aims to improve the understanding of fruit quality build-up from the raw material to the processed product (i.e., from the pre-harvest stage in the field to fruit storage and drying post-harvest stages). Main processes and factors involved in mango fruit quality build-up throughout the pre-/post-harvest continuum will be integrated within a unique modeling framework. The modeling framework will connect together i) agro-ecophysiological models of fruit growth, fruit ripening and changes in fruit biochemicals (sugars and acids) gathered into a virtual fruit model, and ii) an empirical product processing model relying the caracteristics of dried mangoes to those of fresh mangoes measured just before the drying process. Finaly, the modeling framework will be used to find management practices or growth and storage - ripening conditions that optimise quality criteria of interest for mango fruits, either for their consumption as a fresh product or for their drying. Key words : plant physiology, Mangifera indica, modeling, optimisation, post-harvest, fruit quality, fruit processing
En savoir plus :http://ur-hortsys.cirad.fr/actualites/appel-a-candidature-pour-une-these
Offre de thèse_Modélisation qualité mangue_vf.pdf (39,28 Ko)
Contact :isabelle.grechi@cirad.fr
Chimiométricien à UMR ITAP
Publiée le 13/04/2017 16:22. Référence : CDD_Irstea.
CDD, MONTPELLIER.
Entreprise/Organisme : IRSTEA
Niveau d'études :Doctorat
Date de début : 01/09/2017
Durée du contrat : 16 mois
Secteur d'activité : Analyse de données multitableaux
Description : Dans le cadre de divers projets avec des industriels, l'UMR ITAP souhaite développer des analyses multitableaux dans un but d'analyse exploratoire et de classification supervisée.
En savoir plus :http://www.irstea.fr/itap
Contact :jean-michel.roger@irstea.fr
Technicien(ne) d'études SCORE-Santé
Publiée le 13/04/2017 16:18.
CDI, Paris 15ème.
Entreprise/Organisme : Fnors
Niveau d'études :DUT/Licence ou équivalent
Date de début : Dès que possible
Description : La Fédération nationale des observatoires régionaux de la santé (Fnors) est une association loi 1901 dont les membres sont les 22 observatoires régionaux de santé. Sa mission est de représenter les ORS auprès d’instances nationales (Ministères, Drees, DGS, Santé publique France, Caisses d’assurance maladie, Cnaf, INCa, Atih, Inserm-CépiDc, etc.), de favoriser les échanges entre les ORS, de mettre en œuvre des travaux au bénéfice du développement de l'observation de la santé, de coordonner des études multicentriques réalisées par plusieurs ORS. La Fnors assure également le développement et la gestion de SCORE-Santé. SCORE-Santé (www.scoresante.org) est une base de données en santé publique rassemblant des informations sur l’état de santé de la population et ses déterminants, provenant d’acteurs des champs sanitaire et social. Les indicateurs de santé sont présentés à différents échelons territoriaux et sont accompagnés d’éléments de contexte sur les thèmes abordés. SCORE-Santé met à disposition des décideurs, acteurs des politiques publiques et du grand public des informations fiables homogènes et comparables sur la santé de la population et ses déterminants. Missions générales Le(la) technicien(ne) d’études SCORE-Santé est placé(e) sous l'autorité du Président. Il(elle) travaille au sein d’une équipe pluridisciplinaire, en étroite collaboration avec les membres du Groupe technique SCORE-Santé. Ses missions portent sur : • le recueil, l’exploitation et l’analyses de données statistiques, • la maintenance de la base d’indicateurs SCORE-Santé, • l’utilisation des outils informatiques relatifs à SCORE-Santé, • la communication interne et externe au réseau des ORS, • la participation à des travaux transversaux en lien avec SCORE-Santé. Par ailleurs, il(elle) participe, comme toute personne salariée à la Fnors, à l’animation du réseau des ORS et à la vie de l’équipe. Compétences requises • Connaître les procédures de diffusion et de traitement des données, • Connaître les principes de gestion et les méthodes permettant le traitement des bases de données, • Connaître les méthodes de construction d’indicateurs, • Maîtriser les logiciels informatiques de bureautique et de traitement des données, • Savoir mobiliser et articuler différents types de données, • Connaître le domaine de la santé publique serait un plus. Qualités attendues • Avoir une rigueur méthodologique, • Avoir des capacités d'organisation, d'anticipation, d’autonomie et d'initiative, • Être dynamique et force de proposition, • Disposer d’aptitudes relationnelles et au travail d’équipe dans un cadre pluridisciplinaire, • Avoir des capacités de communication orale et écrite, • Avoir une éthique professionnelle et respecter le secret professionnel. Logiciels • Pack Office (Word, Excel, PowerPoint), • Gestion de base de données, langage SQL, • Traitements statistiques (logiciels type Stata, SPSS, SAS, R, SPAD etc.), • Logiciels de cartographie. Formation et expérience Bac + 2 minimum. Formation en statistiques, démographie, une formation complémentaire en épidémiologie serait un plus. Contrat et rémunération Contrat à durée indéterminée. Rémunération selon expérience et profil. Prise de poste dès que possible. Modalités de candidature Adresser CV, lettre de motivation et prétentions à : Monsieur le Président Fédération nationale des observatoires régionaux de la santé 62, boulevard Garibaldi ‐ 75015 Paris Courriel : recrutement@fnors.org
En savoir plus : Technicien_Etudes_SCORE_2017.pdf (373,80 Ko)
Contact :recrutement@fnors.org
Ingénieur de recherche en calcul scientifique
Publiée le 11/04/2017 17:14. Référence : IFSTTAR - AME - DEST.
CDI, Marne la Vallée.
Entreprise/Organisme : IFSTTAR
Niveau d'études :Doctorat
Date de début : Octobre 2017
Durée du contrat : Poste statutaire
Secteur d'activité : Recherche
Description : Le poste est ouvert à des candidat(e)s titulaires soit d’un diplôme d’une grande école en statistique et systèmes d’information, soit d’un doctorat en démographie, mathématique appliquée, économie. L’expérience des grandes enquêtes statistiques est recommandée.
En savoir plus :http://www.ifsttar.fr/nous-rejoindre/lifsttar-recrute/concours-externes/
2017-IR-CE-01-DEST.pdf (187,06 Ko)
Contact :jimmy.armoogum@ifsttar.fr
CDD 1 an Biostatisticien(ne) en R&D Systèmes, bioMérieux Industrie
Publiée le 10/04/2017 21:21. Référence : 45787.
CDD, Marcy L'etoile.
Entreprise/Organisme : bioMérieux
Niveau d'études :Master
Date de début : 29 mai
Durée du contrat : 1 an
Secteur d'activité : Diagnostic Médical
Description : bioMérieux Industrie est une entité spécifique de bioMérieux qui développe et produit une large gamme de solutions pour le contrôle microbiologique (réactifs, instruments, logiciels et services) à destination de quatre principales catégories de clients : industriels en agro-alimentaire, en pharmaceutique, en cosmétique et laboratoire de diagnostique vétérinaire. Dans le service « biomathématiques » du département « R&D Système Industrie » à l’interface entre la biologie et l’ingénierie système, vos missions seront de : A. Contribuer à la conception de protocoles expérimentaux pour le développement, la production et le support des systèmes de contrôle microbiologique et de leurs réactifs en: a. Optimisant les stratégies expérimentales en interface avec les experts techniques et scientifiques b. Prenant en compte le contexte règlementaire, ainsi que les contraintes projet. c. Elaborant les plans d’analyse statistique et définissant le format attendu des données B. Réaliser l’exploitation statistique des données et faciliter la prise de décision en : a. Mettant en place les codes nécessaires à l’analyse des données b. Synthétisant les résultats et rédigeant la documentation c. Restituant les résultats et formulant des recommandations auprès des experts et de l’équipe projet.
En savoir plus :https://recruitment.biomerieux.com/careersection/2/jobdetail.ftl?job=45787&lang=fr_FR
Biostatisticien Industrie.pdf (174,05 Ko)
Contact :aurelie.buisson-charavel@biomerieux.com
PhD positions
Publiée le 10/04/2017 21:19.
Thèse, Geneva (Switzerland).
Entreprise/Organisme : Research Center for Statistics - University of Geneva (Switzerland)
Niveau d'études :Master
Description : At the University of Geneva, Geneva School of Economics and Management (GSEM), we are recruiting 4 Research and Teaching Assistants at the Research Center for Statistics www.unige.ch/gsem/rcs/ The selected candidates will enroll in the PhD in Statistics, carry out research in this field, participate in current research projects, and support teaching activities at Bachelor and Master level.
En savoir plus :https://jobs.unige.ch/www/wd_portal.show_job?p_web_site_id=1&p_web_page_id=26781
Contact :eva.cantoni@unige.ch
Computational Statistics/Bioinformatics Postgraduate (PhD) Scholarship
Publiée le 07/04/2017 15:16.
Thèse, Palmerston North, New Zealand.
Entreprise/Organisme : Massey University (NZ)
Niveau d'études :Master
Sujet : see Description below. The precise project is flexible depending on the successful candidate: Math/Comput. Sc./Stat./Biol. balance, but also the focus could be more on an applied project, on generic methodological developments or somewhere in-between.
Date de début : Sept 2017 (ideally, but negotiable)
Durée du contrat : 3 ans
Secteur d'activité : Public research
Description : The Institute of Fundamental Sciences has a scholarship for an enthusiastic and motivated individual who is interested in conducting a PhD research project in the areas of computational statistics and/or bioinformatics. Typical keywords to describe the research include, but is not limited to: network inference/analysis, causality, simulation strategies, genetic/genomic data, evolution, high-dimensional methods, probabilistic graphical models. Examples of recent projects conducted in the Group include "Study of gene expression patterns in an allopolyploid species: a network approach", "Inferring causality in complex systems from observations" and "analysis of phenotype:genotype relationships in bacteria using machine learning". Our approach is clearly interdisciplinary. Background: The Statistics and Bioinformatics group at Massey is among the largest of its kind in New Zealand. It is part of the Institute of Fundamental Sciences (IFS) which gathers scientists from varied fields working on cutting edge problems within and across their disciplines. Strong links with other Institutes within Massey University and beyond are already established. Biological/agricultural research is one of the strengths of Massey University, and this is a real opportunity to develop sound and original quantitative methodologies. There is a large, diverse and active community of PhD students and postdoctoral researchers at Massey. Excellent library, computing (locally or at the nationwide scale, e.g. NeSi, https://www.nesi.org.nz/) and other research support facilities, sustained programmes of research seminars and workshops are available to the successful candidate. It is against this backdrop that the successful candidate will be afforded agreed upon objectives and the motivation to develop original research with a balance of methodological developments in a quantitative subject and meaningful applications. The planned supervisory team currently consists of A/Prof Patrick Biggs, who has a prominent role in research in Bioinformatics at Massey and Dr Matthieu Vignes, who is a specialist in modern statistical computation strategies for biologically inspired problems. Depending on the interests of the student, and the agreed project, other faculty members may join the supervisory committee. Candidate and conditions: The anticipated admission standard for this PhD position is a 1st class or high upper 2nd class Honours degree, or a Master’s degree with merit or distinction, in Mathematics, Statistics, Computer Science, or a related quantitative discipline. Overseas qualifications of an equivalent standard are also acceptable. In addition, the candidate will have a marked taste for interdisciplinary research, the ability to work as a team member and to organise their own tasks. Proficiency with at least one scientific language/software (R, Python, C/C++...) is highly desirable. The studentship will be three years in duration and covers tuition fees at the domestic rates plus a stipend of NZ $25,000 per annum (non-taxable; exact amount tbc, options exist to supplement it). In addition, some reasonable funds are available to students e.g. for travel to international conferences, or small equipment. There would be the possibility to gain some experience in teaching if desired. The location of the PhD is at the Manawatu Campus of Massey University, in Palmerston North, a small, very affordable yet lively, enjoyable and culturally diverse city in the North Island of New Zealand. The deadline for the application is 30/04/2017. Applications will be considered on a rolling basis until the studentship is filled. Apply as soon as possible to avoid disappointment! The ideal enrolment date is September 2017. For further information and informal discussions of potential projects please contact us (p.biggs@massey.ac.nz and/or m.vignes@massey.ac.nz).
En savoir plus :https://www.massey.ac.nz/massey/learning/colleges/college-of-sciences/staff-profile.cfm?stref=651350
Contact :m.vignes@massey.ac.nz

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