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Stage M2 - Biostatiques/Génétique quantitative
Publiée le 18/10/2021 19:32.
Référence : 2021-6682.
Stage, La Bohalle, Maine-et-Loire.
Entreprise/Organisme :HM. Clause
Niveau d'études :Master
Sujet :Utilisation des indices de sélection en amélioration variétale d'espèces potagères
Date de début :01/02/2022
Durée du contrat :6 mois
Rémunération :~1000€
Secteur d'activité :Génétique quantitative
Description :HM. Clause est une des filiales potagères du groupe Limagrain, quatrième semencier mondial. Avec plus de 20 espèces travaillées et 2000 variétés commercialisées, HM. Clause fait partie des 5 premières entreprises de semences potagères dans le monde. La sélection variétale en espèces potagères se caractérise par le besoin de prendre en compte un nombre conséquent de traits à l'architecture complexe. Cette architecture, combinée à l'importance variable de chacun des traits, rend difficile la création d'un unique critère objectif de sélection. L'approche par indices de sélection, dont l'objectif est justement d'agréger un ensemble de traits en une nouvelle variable synthétique, fournit un cadre adapté et prometteur. Les objectifs du stage sont avant tout exploratoire et méthodologique et s'axent autour des thèmes suivants: - Se familiariser avec les indices de sélection et dresser un portrait du cadre méthodologique - Aider à la construction et la mise en place d'indices des programmes de sélection, en échange avec les équipes de breeding - Etudier de façon plus large le comportement des indices comme traits complexes dans des contextes classiques de génétique quantitative tels que (GWAS, GS) ou plus méta (indices d'indices) Le stage incluera donc de la bibliographie, de l'implémentation de méthodes et de l'analyse. Il ne sera néanmoins pas attendu de délivrer un outil au terme du stage.
En savoir plus :https://talent.limagrain.com/offre-de-emploi/emploi-stage-m2-biostatistiques-genetique-quantitative-
Contact :nicolas.sounac@hmclause.com
Ingénieur d’étude Biostatistiques
Publiée le 18/10/2021 19:31.
CDD, Rennes.
Entreprise/Organisme :Inserm
Niveau d'études :Master
Date de début :01/12/21
Durée du contrat :12 mois
Rémunération :selon profil
Description :Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est la 3ème cause de décès par cancer dans le monde et son hétérogénéité complique sa prise en charge. Le projet INCA PLBio a pour objectif d’étudier les mécanismes gouvernant l’hétérogénéité du CHC. Dans ce contexte, une analyse intégrée de données de diverses origines (transcriptomique, protéomique, analyse d’images de microscopie, clinique, mesures biophysiques …) est en cours de réalisation afin d’étudier des modèles de progression tumorale et de diversité phénotypique du CHC. Le poste à pourvoir se situe à l’interface entre les disciplines concernées afin de donner du sens aux données recueillies. Vous travaillerez en équipe avec des chercheurs et ingénieurs en biologie moléculaire et cellulaire, des biostatisticiens, mathématiciens, biophysiciens, spécialistes en analyses d’images microscopiques et des médecins anatomopathologistes. Dans ce contexte, vous aurez accès à diverses plateformes technologiques spécialisées.
En savoir plus :https://numecan.univ-rennes1.fr/
profil_poste_biostat.pdf
Contact :christelle.reynes@umontpellier.fr
Epidemiologist – Permanent position
Publiée le 15/10/2021 13:40.
CDI, Bordeaux (33) France, remote position could be an option depending on the profile of the candidate.
Entreprise/Organisme :HORIANA
Niveau d'études :Doctorat
Date de début :as soon as possible
Durée du contrat :permanent
Rémunération :Salary according to skills and experience
Secteur d'activité :Epidemiology and biostatistics, Healthcare Real-World Studies
Description :HORIANA is a consulting company dedicated to epidemiology and biostatistics, designing and conducting Healthcare Real-World Studies. Founded by a team of 5 specialists, all of them having more than 15 years of experience in biostatistics, epidemiology, and project management, Horiana aims to support its clients at all stages of their projects. Our clients are both private and public/academic professionals in the healthcare field. Horiana is currently expanding its team with a full-time permanent position for a senior epidemiologist (M/F). The position is based in Bordeaux (33) in France, remote position could be an option depending on the profile of the candidate. In an autonomous manner, you will take charge of conception and medical writing activities for both epidemiological and real-world studies, on primary research or secondary databases. Profile • A PhD degree in epidemiology or medical sciences or PharmD • At least 2-3 years of experience with confirmed experience in RWS • Additional experience in an academic environment is a plus (University hospital, University, Research center) • Fluency in English • Excellent organization skills and the ability to identify priorities • Autonomy • Aspiration for excellence and performance • Team spirit Mission • Writing and reviewing of study documentation (methodology, synopsis, protocol, report…) • Providing support to scientific project manager • Participating on regulatory submissions • Deliverables of the studies ensuring quality standards and timelines • Preparation of scientific meetings on epidemiological aspects • Writing/participation in the drafting of standard or specific operating procedures related • Continuous development of personal scientific skills to keep up to date with scientific progress
En savoir plus :https://www.linkedin.com/posts/horiana_epidemiologist-position-activity-6853266264312356864-MlLj
202109 Epidemiologist Position.pdf
Contact :info@horiana.com
Senior Epidemiologist – Permanent position
Publiée le 15/10/2021 13:40.
CDI, Bordeaux (33) in France, remote position could be an option.
Entreprise/Organisme :HORIANA
Niveau d'études :Doctorat
Date de début :as soon as possible
Durée du contrat :permanent
Rémunération :Salary according to skills and experience
Secteur d'activité :Epidemiology and biostatistics, Healthcare Real-World Studies
Description :HORIANA is a consulting company dedicated to epidemiology and biostatistics, designing and conducting Healthcare Real-World Studies. Founded by a team of 5 specialists, all of them having more than 15 years of experience in biostatistics, epidemiology, and project management, Horiana aims to support its clients at all stages of their projects. Our clients are both private and public/academic professionals in the healthcare field. Horiana is currently expanding its team with a full-time permanent position for a senior epidemiologist (M/F). The position is based in Bordeaux (33) in France, remote position could be an option depending on the profile of the candidate. In an autonomous manner, you will take charge of conception and medical writing activities for both epidemiological and real-world studies, on primary research or secondary databases. Profile • A PhD degree in epidemiology or medical sciences • At least 8 years of experience with confirmed experience in RWS • Additional experience in an academic environment is a plus (University hospital, University, Research center) • Fluency in English • Excellent organization skills and the ability to identify priorities • Autonomy • Aspiration for excellence and performance • Team spirit Mission • Writing and critical reviewing of study documentation (methodology, synopsis, protocol, report…) • Identify epidemiology methods and relevant data sources • Scientific Project Management of the studies • Preparation and chairing of scientific meetings on epidemiological aspects • Participating on regulatory submissions • Propositions concerning orientation of future projects, valorization of results … • Anticipation of potential problems and proposition of adapted solutions • Writing/participation in the drafting of standard or specific operating procedures related • Continuous development of personal scientific skills to keep up to date with scientific progress
En savoir plus :https://www.linkedin.com/posts/horiana_senior-epidemiologist-activity-6853265968324501504-Jc8g
202109 Senior Epidemiologist Position.pdf
Contact :info@horiana.com
Biostatistician – Permanent position
Publiée le 15/10/2021 13:39.
CDI, Bordeaux (33) France, remote position could be an option depending on the profile of the candidate.
Entreprise/Organisme :HORIANA
Niveau d'études :Master
Date de début :as soon as possible
Durée du contrat :permanent
Rémunération :Salary according to skills and experience
Secteur d'activité :Epidemiology and biostatistics, Healthcare Real-World Studies
Description :HORIANA is a consulting company dedicated to epidemiology and biostatistics, designing and conducting Healthcare Real-World Studies. Founded by a team of 5 specialists, all of them having more than 15 years of experience in biostatistics, epidemiology, and project management, HORIANA aims to support its clients at all stages of their projects. Our clients are both private and public/academic professionals in the healthcare field. HORIANA is currently expanding its team with a full-time permanent position for a biostatistician (M/F). The position is based in Bordeaux (33) in France, remote position could be an option depending on the profile of the candidate. Supervised by the managers, you will be responsible of statistical projects in various therapeutic fields, covering all stages of epidemiological and real-world studies (RWS), on primary research or secondary databases. Profile • A master or PhD degree in applied statistics in the fields of health and life sciences • At least 2-3 years of relevant experience as a biostatistician in a CRO, pharma or academic environment • Experience in RWS or clinical studies • Proficiency in the use of office suites and good statistical programming skills (SAS and R as a minimum) • Good knowledge on regulatory standards (ICH, FDA, EMA, ENCEPP, HAS…) • Fluency in English • Autonomy, excellent organization skills and the ability to identify priorities • Aspiration for excellence and performance • Team spirit Mission • Writing and critical reviewing of study documentation on statistics (methodology, sample size calculations, statistical analysis plan, analysis methods, interpretation …) • Implementation (programming) of relevant and well adapted statistical analyses • Deliverables of the studies ensuring quality standards and timelines • Participating on discussions concerning orientation of future projects, valorization of results … • Writing/participation in the drafting of standard or specific operating procedures related to statistics • Continuous development of personal statistical skills to keep up to date with scientific progress
En savoir plus :https://www.linkedin.com/posts/horiana_statistical-position-activity-6853265740980654080-7oN9
202109 Statistician Position.pdf
Contact :info@horiana.com
Senior Biostatistician – Permanent position
Publiée le 15/10/2021 13:39.
CDI, Bordeaux (33) in France, remote position could be an option.
Entreprise/Organisme :HORIANA
Niveau d'études :Master
Date de début :as soon as possible
Durée du contrat :permanent
Rémunération :Salary according to skills and experience
Secteur d'activité :Epidemiology and biostatistics, Healthcare Real-World Studies
Description :HORIANA is a consulting company dedicated to epidemiology and biostatistics, designing and conducting Healthcare Real-World Studies. Founded by a team of 5 specialists, all of them having more than 15 years of experience in biostatistics, epidemiology, and project management, HORIANA aims to support its clients at all stages of their projects. Our clients are both private and public/academic professionals in the healthcare field. HORIANA is currently expanding its team with a full-time permanent position for a senior biostatistician (M/F). The position is based in Bordeaux (33) in France, remote position could be an option depending on the profile of the candidate. In an autonomous manner, you will be responsible of statistical projects in various therapeutic fields, covering all stages of epidemiological and real-world studies (RWS), on primary research or secondary databases. Profile • A master or PhD degree in applied statistics in the fields of health and life sciences • At least 8 years of relevant experience as a biostatistician in a CRO, pharma or academic environment • Confirmed experience in RWS or clinical studies • Proficiency in the use of office suites and good statistical programming skills (SAS and R as a minimum) • Good knowledge on regulatory standards (ICH, FDA, EMA, ENCEPP, HAS…) • Fluency in English • Autonomy, excellent organization skills and the ability to identify priorities • Ability to anticipate problems, propose adapted solution and communicate effectively in and outside the company • Aspiration for excellence and performance • Team spirit Mission • Lead all biostatistics activities related to the study as responsible project statistician • Writing and critical reviewing of study documentation on statistics (methodology, sample size calculations, statistical analysis plan, analysis methods, interpretation …) • Identification and implementation of relevant and well adapted statistical analyses • Deliverables of the studies ensuring quality standards and timelines • Preparation and chairing of meetings on statistical aspects • Propositions concerning orientation of future projects, valorization of results … • Writing/participation in the drafting of standard or specific operating procedures related to statistics • Continuous development of personal statistical skills to keep up to date with scientific progress
En savoir plus :https://www.linkedin.com/posts/horiana_senior-position-activity-6853260963148296193-iG_D
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Statisticien(ne) à l'observatoire régional de la santé et du social
Publiée le 14/10/2021 18:22.
CDI, Amiens.
Entreprise/Organisme :Observatoire régional de la santé et du social (OR2S)
Niveau d'études :Master
Date de début :dès que possible
Secteur d'activité :Santé publique
Description :Présentation de la structure L’observatoire régional de la santé et du social (OR2S) est un organisme de santé publique. Avec plus de 35 ans d’expérience dans le domaine de la santé publique et dans le domaine social, l’OR2S travaille en partenariat avec des organismes à vocation nationale, régionale et locale, qu’ils soient publics ou privés : ARS, conseils régionaux, Dreets, conseils départementaux, Dreal, Sgar/préfectures, rectorats, inspections académiques, universités, Cnaf, Cnam, CCMSA, CNRSI, Carsat, Inserm (CépiDc), HCSP, Santé publique France - Cire, INCa, Ministères, DGS, Drees, DGOS, DGCS, Atih, Datar, Insee… Les missions de l’OR2S s'inscrivent dans l'amélioration de la connaissance de la population dans le domaine sanitaire et social au plan régional et infra-régional des régions Hauts-de-France et Normandie. De plus, l’OR2S dépasse le cadre de ces deux régions en travaillant également avec les observatoires régionaux de la santé d’autres régions et leur Fédération (Fnors), mais aussi avec des partenaires internationaux. Les missions s'articulent autour de trois axes : - l’expertise : en inventoriant et en analysant les diverses sources de données sanitaires (données de mortalité sur plus de 35 ans et, plus généralement, des données du système national des données de santé -SNDS-, de données autour des professionnels de santé -RPPS et Adeli-…) et sociales (données civiles de l’Insee, celles issues du recensement de la population, données produites par les caisses de prestations sociales …) et en suscitant et (ou) en réalisant des études spécifiques ; - l’accompagnement : en soutenant les promoteurs locaux dans leur méthodologie d’enquêtes et en participant à l’évaluation technique d’actions et de programmes ; - l’information : en communiquant et en diffusant les résultats sous une forme accessible aux différents partenaires. Missions du(de la) statisticien(ne) La mission générale du(de la) statisticien(ne) s’inscrit dans la réalisation des études et travaux de l’OR2S sur les Hauts-de-France et la Normandie. Il(Elle) sera amené(e) à travailler, d’une part, à partir des enquêtes déclinées en région et, d’autre part, du traitement à conduire pour la réalisation d’état des lieux socio-sanitaires localisés. Il(Elle) sera amené(e) à travailler sur les différentes bases de données disponibles au sein de l’OR2S (mortalité, PMSI, admissions en ALD, prestations sociales, recensement de population...) La personne recrutée sera impliquée dans les différentes étapes d’élaboration des documents à produire en calculant une partie des indicateurs, en gérant et validant les fichiers de données et d’indicateurs qui lui seront confiés, en vérifiant leur qualité, en mettant en œuvre les analyses statistiques et en interprétant puis en rédigeant les résultats pour qu’ils puissent être communicables et compréhensibles par un public non statisticien. En outre, ses activités seront les suivantes : • Contrôle/qualité des données ; • Calcul d’indicateurs ; • Traitement et analyses statistique des données ; • Réalisation d’études sur des thématiques des champs sanitaire et/ou social ; • Rédaction de rapports, notes et plaquettes thématiques ; • Participation à la mise en place d’une application web de restitution des résultats (permettant d’obtenir rapidement les dataviz, cartographies, fichiers d’indicateur) ; • Communication orale des résultats.   Profil Formation master dans les analyses de données quantitatives (master de statistique appliquée, Ensae, Ensai, Isup, Idup, Isped…), voire en licence professionnelle si le candidat est autonome. Connaissances avancées en statistiques et des logiciels spécialisés (R) Connaissances en gestion de bases de données Savoir s’auto-former sur de nouvelles méthodes au besoin Très rigoureux(se) et sens de l’organisation Autonome Approche critique des données Capacité à travailler dans un milieu pluridisciplinaire Capacité rédactionnelle Capacité à restituer oralement des résultats Dimension relationnelle Contrat proposé Type de contrat : CDI Date de début : dès que possible Localisation : Amiens Rémunération selon expérience Modalité de candidature Veuillez adresser votre CV et lettre de motivation à nadege.thomas@or2s.fr OR2S Faculté de médecine 3 rue des Louvels 80036 Amiens Cedex 1 Téléphone : 03 22 82 77 24
En savoir plus :www.or2s.fr
OR2S_Statisticien_Octobre2021.pdf
Contact :nadege.thomas@or2s.fr
M2 internship - Leveraging and modeling genetic pleiotropy in causal inference
Publiée le 14/10/2021 07:59.
Référence : I1.
Stage, 4, avenue de l'observatoire 75006 Paris.
Entreprise/Organisme :UR 7537 BioSTM (Biostatistique, Traitement et Modélisation des données biologiques) - Univ. de Paris
Niveau d'études :Master
Sujet :M2 internship - Leveraging and modeling genetic pleiotropy in causal inference to understand the human genetic architecture
Date de début :February 2022
Durée du contrat :6 months
Rémunération :~550€/month
Secteur d'activité :Statistical genetics
Description :A major transformation in genetics has occurred with the results of Genome-wide associations studies (GWASs). GWASs, which consist in estimating the effect of genome-wide genetic variants on a studied trait, have yielded to the identification of countless genetic variants significantly associated with many complex traits and diseases without being able to pinpoint a causal mechanism in the vast majority of cases. Therefore, many applications and method development have successfully reused the results of GWASs principally to study relationships between traits. One booming field using GWASs summary statistics data is causal inference between traits in the form of Mendelian randomization. The principle of Mendelian randomization is very simple and analogous to randomized control trials where the effects of variant alleles (instead of drug/placebo) are modeled through regression to estimate and test the causal effect of an exposure trait on an outcome trait. Although extremely appealing, Mendelian randomization relies on a strong assumption: the absence of horizontal pleiotropy occurring when a variant has independent effects on both the exposure and the outcome. Pleiotropy tended to be neglected in Mendelian randomization applications. In a stepping-stone paper published in Nature Genetics in 2018, we have shown that horizontal pleiotropy cannot be neglected and occurs in almost 50% of causal relationships, biasing causal estimates and inflating the false discovery rate of causal relationships. This internship will be dedicated to building a comprehensive method to perform Mendelian randomization and infer causality. In addition, we propose to reroute existing methods based on Mixture of Gaussians to infer causality while concomitantly quantifying pleiotropy at the level of the variants which we do believe to be primordial for our understanding of human genetics.
En savoir plus :http://marie.verbanck.free.fr/Internship1.pdf
Contact :marie.verbanck@u-paris.fr
Gestionnaire de données biomédicales
Publiée le 12/10/2021 15:58.
CDD, Saint Denis de la Réunion.
Entreprise/Organisme :CHU de la Réunion
Niveau d'études :Master
Description :Développer les procédures et le programmes de gestion de données nécessaires à l'élaboration d'un algorithme de deep learning pour la prédiction de résultats de biologie médicale.
En savoir plus :www.chu-reunion.fr
APPEL A CANDIDATURES.pdf
Contact :recrutement.fguyon@chu-reunion.fr
Stage: Développement d'une application R Shiny pour l'analyse statistique de données sensorielles
Publiée le 12/10/2021 14:06.
Stage, Saint-Ouen/Clichy.
Entreprise/Organisme :L'Oréal
Niveau d'études :Master
Date de début :février/mars 2022
Durée du contrat :6 mois
Secteur d'activité :Data Science / Sensory analysis / Research & innovation
Description :Recherches bibliographiques sensométrie/analyse statistique Définition des besoins précis en collaboration avec les équipes d'analyse sensorielle Choix du plan d'analyse statistique adapté Développement et Implémentation de codes en R (Shiny) dans une plateforme interne l’Oréal Application aux études sensorielles de l’Oréal Mise en place d’une documentation
En savoir plus :https://careers.loreal.com/en_US/jobs/JobDetail/R-I-Stage-Calcul-Scientifique-2022-H-F/112714
Offre de stage - Calcul Scientifique - L'Oréal.pdf
Contact :noemie.bertrand@rd.loreal.com
BIOSTATISTICIEN
Publiée le 12/10/2021 14:06.
Référence : 2021-4741.
CDD, CHU CHARLES NICOLLE ROUEN.
Entreprise/Organisme :CHU ROUEN
Niveau d'études :Master
Date de début :Dès que possible
Durée du contrat :12 MOIS
Secteur d'activité :D2IM
Description :Chargé (e) de projet positionné sur des missions de réalisations opérationnelles D2IM. Le projet EDSaNCoh vise à développer une plateforme de création et d’alimentation de e-cohortes cliniques prospectives ouvertes actives et automatiques, à partir d’entrepôts de données de santé, notamment de l’EDSaN. Il s’agit d’optimiser la recherche non interventionnelle sur données épidémio-cliniques. Cette plateforme aura une vocation régionale et nationale en rendant possible la création de cohortes multicentriques, favorisant ainsi la coopération et l’innovation scientifiques et apportant de la puissance (nombre de patients élevés) et de la représentativité aux études. Une équipe multidisciplinaire d’informatique médicale, le D2IM (Département d’Informatique et d’Information Médicales) du CHU de Rouen, et au niveau de la recherche clinique, un praticien hospitalier, encadreront le projet.
En savoir plus :SITE DE RECRUTEMENT CHU ROUEN
Contact :julien.grosjean@chu-roun.fr
Gestionnaire de données-Data manager
Publiée le 12/10/2021 14:06.
Référence : 2021-4740.
CDD, CHU CHARLES NICOLLE ROUEN.
Entreprise/Organisme :CHU ROUEN
Niveau d'études :DUT/Licence ou équivalent
Date de début :Dés que possible
Durée du contrat :12 MOIS
Secteur d'activité :DRCI
Description :- Validation du CRF - Développement de la base de données et des masques de saisie - Établissement du plan de validation des données et programmation des contrôles de cohérence - Supervision de la saisie des données - Participation aux procédures de pré-gel et gel de base - Extraction et exportation des données pour analyse statistique - Archivage des données - Déplacements sur site et formation des équipes investigatrices à une meilleure utilisation du Registre EPITHOR
En savoir plus :SITE DE RECRUTEMENT CHU ROUEN
Contact :julie.hammoudi@chu-rouen.fr
STAGE en études statistiques
Publiée le 12/10/2021 14:06.
Référence : STAGE ETUDES STAT.
Stage, RENNES (35).
Entreprise/Organisme :ENTREMONT ALLIANCE
Niveau d'études :Master
Sujet :Etudes statistiques relatives à la technologie fromagère
Date de début :2022
Durée du contrat :6 mois
Rémunération :915 € / mois
Secteur d'activité :AGRO-ALIMENTAIRE
Description :SODIAAL, 1ère coopérative laitière française, 3ème européenne et 5ème mondiale, rassemble plus de 9 000 salariés et 20 000 éleveurs. Le groupe appartient à ses producteurs laitiers adhérents, possède plus de 70 sites industriels en France et en Europe et réalise un chiffre d'affaires de 5 milliards d'euros. Spécialisés dans les produits laitiers, nous fournissons au quotidien des aliments essentiels à la santé et au bien-être de tous : fromages, lait de consommation, crème, beurre, poudres & ingrédients laitiers, yaourts, produits surgelés... SODIAAL Division « Fromages » regroupe les sociétés Entremont, Monts & Terroirs, Les Fromageries Occitanes, Les Fromageries Blamont et Renard Gillard. Cette Division est leader des fromages à pâtes pressées ainsi que des fromages AOP, 1,3 Milliard de CA, 3 300 collaborateurs en France répartis sur 16 sites industriels en France, 2 Filiales en Belgique et Italie, 190 000 tonnes de fromages vendues dont 40 % à l'international.
En savoir plus :https://entremont.com/job-offers/stage-6-mois-analyses-statistiques/
Stage Statisticien 2021 22.pdf
Contact :acochyn@entremont.com
Modeling and characterizing genetic variant pleiotropy using machine learning
Publiée le 12/10/2021 14:05.
Référence : I2.
Stage, 4, avenue de l'observatoire 75006 Paris.
Entreprise/Organisme :UR 7537 BioSTM (Biostatistique, Traitement et Modélisation des données biologiques) - Univ. de Paris
Niveau d'études :Master
Sujet :Modeling and characterizing genetic variant pleiotropy using machine learning to understand the human genetic architecture
Date de début :February 2022
Durée du contrat :6 months
Rémunération :~550€/month
Secteur d'activité :Statistical genetics
Description :Nowadays in human genetics, one particular concept seems to resurge: pleiotropy. Pleiotropy occurs when one genetic element (e.g. variant, gene) has independent effects on several traits. Although pleiotropy is extremely common and thought to play a central role in the genetic architecture of human complex traits and diseases, it is one of the least understood phenomena. We have shown that several biological mechanisms exist and induce different pleiotropy states at the level of the variants. Specifically, we have conceptualized 5 biological mechanisms 1) linkage disequilibrium; 2) causality between traits; 3) genetic correlation between traits; 4) high polygenicity of traits; 5) horizontal pleiotropy (true independent effects of a variant on two traits). This internship will be dedicated to building a comprehensive framework to disentangle all 5 states of pleiotropy and provide a genome-wide map of pleiotropy using machine learning. Specifically, we propose 1) to improve on a method that we have published in a proof-of-concept paper using unsupervised approaches based on penalized methods, random forests or deep learning; 2) to explore semi-supervised learning using a creative strategy to label data that we have developed. There is a growing utility for Human genetic variant databases, from the interpretation of genetic analyses to clinical interpretation. We strongly believe that a database describing the pleiotropic nature of variants will complement existing databases and serve the community. Importantly, the full code of the produced methodology and the genome-wide map of pleiotropy will be made publicly available and highlighted in scientific publications.
En savoir plus :http://marie.verbanck.free.fr/Internship2.pdf
Contact :marie.verbanck@u-paris.fr
Modélisation et analyse de la transmission entre saison de l'inoculum dans les paysages agricoles
Publiée le 12/10/2021 14:05.
Référence : Transmission entre saison de l'inoculum dans les paysages agricoles.
Stage, Le Rheu (35).
Entreprise/Organisme :INRAE UMR IGEPP
Niveau d'études :Master
Sujet :Modélisation et analyse de la transmission entre saison de l'inoculum dans les paysages agricoles
Date de début :entre janvier et avril 2022
Durée du contrat :6 mois
Rémunération :Indemnités de stage selon Barème INRAE (environ 500 euros par mois)
Secteur d'activité :Recherche en Epidémiologie végétale
Description :Contexte scientifique et résumé du projet de stage: La culture de variétés résistantes contribue à la maîtrise des épidémies fongiques. Cependant les gènes de résistance perdent leur efficacité au cours du temps si les populations de champignons s’adaptent. L’optimisation du déploiement des variétés dans le temps et dans l’espace pour ralentir l’adaptation fait l’objet de travaux en modélisation. En revanche on manque de données détaillées sur des situations réelles de contournement. Le démarrage du projet « club phoma » va permettre de collecter de telles données au cours de la décennie, sur le phoma du colza dont le champignon responsable Leptosphaeria maculans survit sur les débris de cultureà partir desquels il produit des spores (Bousset et al. 2019 ; 2021) dispersées par le vent (Bousset et al. 2015) sur les parcelles de colza environnantes semées l’automne suivant En amont du projet général, l’objectif de ce stage sera de construire et d’explorer un métamodèle statistique reliant le risque de transmission des épidémies entre saisons à des descripteurs de la structure des paysages agricoles. La question principale sera donc quelle est la part de la structure du paysage dans le risque de transmission d’épidémies fongiques d’une saison culturale à la suivante ? Nous disposons déjà (a) d’un modèle de dispersion du pathogène paramétré sur des données de terrain (Bousset et al, 2015) et (b) de données géomatiques de culture du colza observées à l’échelle de la France Métropolitaine, issues du Registre Parcellaire Graphique (Martin et al, 2021) et de chaînes de télédétection (Derksen et al, 2020). Après avoir pris en main (a) et (b) pour simuler la dispersion de l'inoculum et produire des cartes de risque, le stagiaire aura pour objectif (i) d'utiliser les sorties de simulation pour construire un métamodèle statistique (Faivre et al, 2013) décrivant la distribution spatiale de ’intensité de la transmission de l’année N à l’année N+1 en fonction de descripteurs de l’hétérogénéité paysagère observée dans les cartes, e.g. de la proportion et de la fragmentation du colza dans le parcellaire ; (ii) d’explorer les données géomatiqes (b) pour sélectionner des zones à paysages contrastés en ce qui concerne la culture du colza ; (iii) d’explorer la sensibilité du métamodèle à la part d’incertitude existante concernant certains traits biotiques des couples souches/variétés étudiés dans la cadre du projet « club phoma » (Saltelli et al, 2008). Outils et méthodes (mathématiques, informatiques, statistiques): Nous recherchons un(e) candidat(e) intéressé(e) par la modélisationstatistique, en particulier la géostatistique et l'analyse de sensibilité, avec un intérêt pour la géomatique (paysage, télédétection, etc) et la modélisation mécanistel. La maîtrise d’un langage de programmation adapté à ces questions scientifiques, comme R, est nécessaire. Bibliographie : Bousset, L., Vallée, P., Delourme, R., Parisey, N., Palerme, M., Leclerc, M. (2021) Besides stem canker severity, oilseed rape host genotype matters for the production of Leptosphaeria maculans fruit bodies. Fungal Ecology. 52. Bousset, L., Palerme, M., Leclerc, M. and Parisey, N. (2019), Automated image processing framework for analysis of the density of fruiting bodies of Leptosphaeria maculans on oilseed rape stems. Plant Pathol, 68: 1749-1760. Bousset, L., Jumel, S., Garreta, V., Picault, H. and Soubeyrand, S. (2015), Transmission of Leptosphaeria maculans from a cropping season to the following one. Ann Appl Biol, 166: 530-543. Martin, Philippe; Rabenandrasana, Nadège; Poméon, Thomas; Serard, Philippe. (2021). "RPG Explorer Crop successions France 2007-2014, 2007-2019, 2015-2019", https://doi.org/10.15454/XH84QB. Derksen, Dawa, Jordi Inglada, and Julien Michel. (2020) "Geometry Aware Evaluation of Handcrafted Superpixel-Based Features and Convolutional Neural Networks for Land Cover Mapping Using Satellite Imagery" Remote Sensing 12, no. 3: 513. Faivre R., Makowski D., Wang J., Richard H., Monod H., 2013. Package mtk pour l'exploration numérique des modèles. In Faivre R., Iooss B., Mahévas S., Makowski D., Monod H., editors. Analyse de sensibilité et exploration de modèles. Applications aux modèles environnementaux. Collection « Savoir Faire », Quae, Versailles, pp 277-304. Saltelli, A. (Ed.), 2008. Global sensitivity analysis: the primer. John Wiley, Chichester, England ; Hoboken, NJ. Responsable du stage (personne à contacter): Nom: Bousset Lydia & Parisey Nicolas & Leclerc Melen Statut : Chargée de Recherche & Ingénieur de Recherche & Chargé de Recherche Coordonnées (email, tel): lydia.bousset@inrae.fr  & nicolas.parisey@inrae.fr & melen.leclerc@inrae.fr
En savoir plus :https://www6.rennes.inrae.fr/igepp/Equipes-de-recherche/Demecologie
stage_Mod_Phoma.pdf
Contact :melen.leclerc@inrae.fr

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