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Méthodes à copules pour l’inférence de réseaux de régulation multi-omiques

Publiée le 14/01/2022 21:37.

Thèse, Jouy-en-Josas.

Entreprise/Organisme :	INRAE
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Méthodes à copules pour l’inférence de réseaux de régulation multi-omiques
Date de début :	01/10/2022
Description :	Pour mieux comprendre les interactions entre les différents objets qui con- stituent un réseau biologique (gènes, protéines, etc), les biologistes réalisent des mesures sur des variables de différents types : catégorielles, ordinales, continues. La ”découverte” des inter- dépendances dans ces données hétérogènes (on parle de données “multi-omiques” en biologie) est un défi majeur à la fois en biologie et en statistique. L’objectif de cette thèse est de constru- ire un modèle statistique pour inférer ces inter-dépendances en modélisant l’hétérogénéité des données à l’aide de copules. Ces dernières sont des fonctions qui permettent de lier entre elles les variables de différents types. La méthode d’inférence devra être étudiée théoriquement et numériquement, avant de l’appliquer sur un jeu de données multi-omiques produit à l’INRAE.
En savoir plus :	https://maiage.inrae.fr/index.php/fr main.pdf
Contact :	gildas.mazo@inrae.fr

BIOSTATISTICIEN(NE) SENIOR (H/F)

Publiée le 14/01/2022 21:37.

Référence : BIOSTAT_2022.

CDI, Saint Herblain.

Entreprise/Organisme :	BIOFORTIS
Niveau d'études :	Doctorat
Secteur d'activité :	CRO
Description :	L’entreprise BIOFORTIS, CRO spécialiste des essais cliniques et bioanalyses, accompagne depuis 20 ans l’innovation pour ses clients en nutrition, agroalimentaire, biotech, pharma, académique, cosmétique. Forte de ses 90 collaborateurs, supportée par l'Institut Mérieux, l'équipe présente à son actif plus de 500 projets, 250 essais cliniques gérés full-service en France, en Europe et à l'international. Afin de renforcer son équipe Biostatistiques, Biofortis recherche un(e) Biostatisticien(ne) Senior en recherche clinique. Le poste En tant que biostatisticien(ne) sénior, vos principales responsabilités seront dans le cadre des études cliniques (interventionnelles et observationnelles), principalement en nutrition : . Calcul de taille d’échantillons . Définition des méthodologies statistiques adaptées et rédaction du plan d’analyse statistique . Participation au contrôle des cohérences et à la revue des données . Programmation des analyses statistiques et validation . Analyse et interprétation des résultats . Participation à la rédaction des rapports d’étude . Gestion des délais et des plannings Dans le cadre des activités transversales du service Biostatistiques, d’autres missions vous seront également confiées : . Veille scientifique, réglementaire et méthodologique . Apport d’une expertise et de conseils méthodologiques . Participation aux analyses statistiques . Participation aux projets de R&D Profil et compétences : . Formation supérieure en statistiques/biostatistiques (Thèse, Master 2, ENSAI, ISUP…) . Au moins 5 ans d’expérience dans le domaine des statistiques appliquées à la recherche médicale (laboratoire pharmaceutique, CRO…) . Expérience confirmée en études cliniques et études en vie réelle (RWS) . Excellente connaissance de la réglementation en recherche clinique (en nutrition serait un plus) et des méthodes statistiques associées (ICH, EMA, EFSA, …) . Maîtrise de SAS et R indispensable . Bon niveau oral/écrit d’anglais . Capacités d'adaptation, d’autonomie et de travail en équipe, esprit de synthèse et d’initiative, dynamisme Lieu de travail : Saint-Herblain, France Si vous êtes intéressé par ce poste, merci d’envoyer votre CV + lettre de motivation, incluant votre disponibilité et vos prétentions à l’adresse suivante : florence.gillaizeau@biofortis.fr
En savoir plus :	https://www.biofortis.fr/ Biostat_2022.pdf
Contact :	florence.gillaizeau@biofortis.fr

Modélisation multivariée des interactions entre services écosystémiques des sols

Publiée le 14/01/2022 21:37.

Stage, Rennes.

Entreprise/Organisme :	INRAE
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Modélisation multivariée des interactions entre services écosystémiques des sols, facteurs climatiques et propriétés des sols
Date de début :	février/mars 2022
Durée du contrat :	6 mois
Secteur d'activité :	Agronomie
Description :	Contexte : L’unité Mixte de Recherche Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (UMR SAS) de l’INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et de l’Institut Agro (Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement) conduit des recherches qui portent, entre autres, sur le rôle fondamental des sols et leur état. En effet, les sols jouent un rôle essentiel en termes de sécurité alimentaire et de lutte contre le changement climatique. Par exemple, dans le contexte environnemental, la capacité des sols à stocker du carbone contribue à la régulation du climat. Il y a donc un enjeu majeur autour de l’évaluation des services que rendent les sols (services écosystémiques des sols (SES)). Dans ce contexte, de nombreux travaux étudient les relations entre les multiples SES : en effet, des pratiques qui visent à améliorer un SES peuvent s’accompagner de l’amélioration ou de la dégradation d’un autre SES. Objectifs : L’objectif de ce stage est d’étudier des approches de modélisation statistique pour représenter les relations entre SES. Dans la littérature, plusieurs approches standards calculent un coefficient de corrélation (ex : de Pearson) pour quantifier le degré de corrélation entre deux SES. Cependant, cette approche classique d’analyse des coefficients de corrélation présente des limites quand il s’agit de modéliser l’ensemble de la structure de dépendance entre deux variables. Dans ce stage, il s’agira de proposer des modèles qui représentent la variation simultanée de plusieurs SES, conditionnellement à des facteurs climatiques ou des propriétés des sols. Dans une démarche d’analyse multivariée, la méthode statistique des « copules » sera particulièrement étudiée pour modéliser des relations entre SES. Il s’agira d’étudier des modèles multi-variés (les copules) de la distribution jointe de plusieurs SES, en considérant la structure de dépendance qui les lie. Ce travail s’appuiera sur une base de données décrivant les propriétés de plusieurs sols provenant de 64 sites en Ille-et-Vilaine, et pour lesquels les indicateurs de six SES ont été estimés. Les données disponibles permettront d’ajuster des modèles de copules de plusieurs combinaisons de SES et puis d’évaluer les performances de leurs simulations. Des scénarios qui permettent d’optimiser simultanément plusieurs SES seront formulés et évalués en fonction des facteurs climatiques ou des propriétés des sols. Profil souhaité : Master 2 en statistiques appliquées ou agro-environnement ayant des compétences en méthodes de modélisation statistiques et d’estimation des modèles. Aisance avec la manipulation de données, autonomie, rigueur, aptitudes à la lecture d’articles en anglais et à la rédaction, esprit de synthèse. Aptitude au travail en autonomie, curiosité. Maîtrise de la programmation en R et des outils de bureautique.
En savoir plus :	https://intranet.rennes.inrae.fr/umrsas/ Annonce-stage_pari-scientifique_AgroEcoSyst_2021-2022_v3.pdf
Contact :	tristan.senga-kiesse@inrae.fr

STAGE second semestre année 2021-2022 pour Etudiant(es) en Master 2, Mathématiques, Statistique

Publiée le 14/01/2022 21:37.

Référence : LABORATOIRE VIESANTÉ - UR 24 134.

Stage, Limoges.

Entreprise/Organisme :	Université de Limoges, CHU de Limoges, Pôle HU de Gérontologie Clinique
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Elaboration d’algorithme de détection et de prise en charge de la fragilité du sujet âgé..
Date de début :	Mars 2022
Durée du contrat :	Mars à Août 2022
Rémunération :	400 € net/ mois
Secteur d'activité :	Biostatistiques
Description :	Université de Limoges, IFR OMEGA HEALTH, Laboratoire. VieSanté - UR 24134 (Vieillissement, Fragilité, Prévention, e-Santé) ; CHU de Limoges, Pôle HU de Gérontologie Clinique, Service de Médecine Gériatrique, F-87042 Limoges, France »
En savoir plus :	OrciD number: 0000-0001-5549-3496
Contact :	michel.harel@unilim.fr

Statistical modeling and machine learning for immunotherapy in lung cancer

Publiée le 14/01/2022 11:32.

CDD, Marseille.

Entreprise/Organisme :	Inria – Inserm
Niveau d'études :	Master
Date de début :	01/03/2022
Durée du contrat :	24 months
Secteur d'activité :	Research
Description :	The engineer or postdoc position will take place in the environment of a newly created Inria-Inserm team COMPO (COMputational Pharmacology in Oncology), located in the University Hospital of Marseille. This team is composed of mathematicians, pharmacists and clinicians and is a unique multidisciplinary environment focused on developing novel computational tools for decision- making in clinical oncology. The project is funded by the french National Cancer Institute (INCa) and will consist in developing mechanistic models of the response to immune-checkpoint inhibitors (ICI) with access to unique, large-scale (~450 patients), longitudinal and multi-modal biological data generated by thePIONeeR consortium clinical study (RHU program). It will involve strong interactions with clinicians from APHM and biologists, from academy (CIML and CRCM in Marseille) as well as biotech (e.g. HalioDX) and pharma companies (InnatePharma, Imcheck therapeutics). The recruited person will be in charge of the biostatistical analysis, mixed-effects modeling and machine learning engineering of longitudinal biomarker data of the response to ICI in non-small cell lung cancer. To this end, large data sets containing multi-modal and longitudinal data from immuno-histochemistry, imaging, pharmacokinetics, immunoprofiling, soluble biomarkers and sequencing data (including circulating DNA) will be used. team.inria.fr/compo
En savoir plus :	https://recrutement.inria.fr/public/classic/en/offres/2022-04353 2022-04353-en.pdf
Contact :	sebastien.benzekry@inria.fr

Forth-coming research position in monitoring of CC impacts on French and European forests

Publiée le 14/01/2022 11:32.

CDI, Nancy, France.

Entreprise/Organisme :	IGN, Institut National de l'Information Géographique et Forestière
Niveau d'études :	Doctorat
Date de début :	Autumn 2022
Durée du contrat :	permanent
Rémunération :	CRCN : www.emploi-collectivites.fr/grille-indiciaire-etat-charge-recherche-developpement-durable/0/
Secteur d'activité :	Public research / Agriculture, silviculture and fisheries
Description :	Job pre-announcement, researcher position to be open Spring 2022 (competitive application), civil servent body of researchers of normal class of Sustainable Developpement (Chargé de Recherche de Classe Normale du Développement Durable, CRCNDD). Keywords : forest inventory, dendroclimatology, forest health, survey sampling, statistical modelling, indicators
En savoir plus :	https://sites.google.com/view/LabForestInventory IGN_France_NFI_Researcher_ForestMonitoring&CC.pdf
Contact :	jean-daniel.bontemps@ign.fr

CDD chargé d'étude biostatistique avec expérience dans le domaine des essais cliniques

Publiée le 14/01/2022 11:32.

CDD, Lyon.

Entreprise/Organisme :	Service de Biostatistique Bioinformatique des Hospices Civils de Lyon
Niveau d'études :	Doctorat
Date de début :	Au plus tôt
Durée du contrat :	CDD d'un an, renouvelable. Possibilité d'évolution vers un CDI
Rémunération :	Selon l’expérience et le niveau de formation par référence aux grilles des Hospices Civils de Lyon
Secteur d'activité :	Santé
Description :	Recherche d'une personne avec un doctorat de sciences (ou Master 2 ou diplôme d’ingénieur en statistique ou biostatistique, selon l’ancienneté), avec une expérience d'au moins 4 ou 5 ans. Une expérience dans le domaine des essais cliniques serait un atout majeur. La personne aurait en charge l'analyse d'études prises en charge par le service de biostatistique bioinformatique des Hospices Civils de Lyon. Une partie non négligeable de l'activité sera consacrée à l'analyse d'essais cliniques.
En savoir plus :	Xx RECRUTEMENT INGENIEUR BIOSTAT - SERVICE DE BIOSTAT HCLYON.pdf
Contact :	fabien.subtil@chu-lyon.fr

3 PhD scholarships in Statistics

Publiée le 12/01/2022 12:59.

Thèse, London.

Entreprise/Organisme :	QMUL
Niveau d'études :	Autre
Date de début :	Septembre 2022
Durée du contrat :	3 years
Secteur d'activité :	Statistics, Machine Learning, Data Science
Description :	The Faculty of Science and Engineering is funding three studentships in Statistics, under the theme of Environment, Biodiversity and Genetics. The students will train together with other students working under the theme in other Schools, following an exciting programme designed to inspire the next generation of environmental experts, managers and leaders. They will be equipped to address some of the toughest challenges of our time. Projects funded for an October 2022 start are listed below. Bayesian spatial modelling for biodiversity Supervisor: Dr Silvia Liverani Statistical Modeling for Complex Observation Data: Applications to Intelligent Transport System Supervisor: Dr Prajamitra Bhuyan Efficient spatio-temporal modelling and interpolation of Global Sea Surface Height Supervisor: Dr Arthur Guillaumin Further details on the studentships, information on eligibility and instructions on how to apply, go to: https://www.qmul.ac.uk/maths/postgraduate/postgraduate-research/phd-projects/ For project-related queries, contact individual supervisors. Closing date for applications: 30th January 2022.
En savoir plus :	https://www.qmul.ac.uk/maths/postgraduate/postgraduate-research/phd-projects/ phdqmul.pdf
Contact :	a.guillaumin@qmul.ac.uk

Postes d'ATER - Sections 26 et 27 - candidature du 3 février au 9 mars 2022

Publiée le 12/01/2022 09:18.

CDD, Université Paul Valéry Montpellier 3.

Entreprise/Organisme :	Université Paul Valéry Montpellier 3
Niveau d'études :	Master
Date de début :	01/09/2022
Durée du contrat :	1 an
Description :	Voir pdf
En savoir plus :	xx Postes ATER.pdf
Contact :	catherine.trottier@univ-montp3.fr

Poste MCF (sections 26-27) "Sciences des données, filière MIASHS et enseignements transversaux"

Publiée le 12/01/2022 09:18.

CDI, Université Paul Valéry Montpellier 3.

Entreprise/Organisme :	Université Paul Valéry Montpellier 3
Niveau d'études :	Doctorat
Date de début :	01/09/2022
Description :	Voir pdf
En savoir plus :	xx Poste MCF UPV.pdf
Contact :	catherine.trottier@univ-montp3.fr

Biostatisticien(ne)

Publiée le 11/01/2022 18:04.

Référence : 2021-9675.

CDD, Boulogne.

Entreprise/Organisme :	Laboratoires Pierre Fabre
Niveau d'études :	Master
Date de début :	Dès que possible
Durée du contrat :	4-5 mois
Secteur d'activité :	Industrie Pharmaceutique
Description :	Chef de projets avec gestion d'études cliniques en vie réelle avec des CRO, biostatistiques et data management, au sein de la Direction Real World Evidence (RWE)
En savoir plus :	https://job.pierre-fabre.com/Pages/Offre/detailoffre.aspx?idOffre=9675&idOrigine=3075&LCID=1036&offerReference=2021-9675 Offre Biostatisticien(ne) (hf) HF - Réf. 2021-9675.pdf
Contact :	agnes.auclair@pierre-fabre.com

4 postdoc positions - all topics

Publiée le 09/01/2022 15:50.

Référence : 4 post doc positions in all maths subject at Centre Henri Lebesgue.

Postdoc, Rennes Nantes Angers Brest Vannes.

Entreprise/Organisme :	Labex Centre Henri Lebesgue
Niveau d'études :	Doctorat
Date de début :	expected to begin in 2022
Durée du contrat :	2 years
Rémunération :	approx 2000€/month
Secteur d'activité :	all topics in mathematical research
Description :	The 4 contracts are open to all CHL laboratories, IRMAR (Rennes), LMBA (Brest-Vannes), LAREMA (Angers), LMJL (Nantes), and their research topics. The applicants must present a project in line with the laboratory they choose, and a compulsory support letter from one member the host laboratory. The CHL will select the applications based on excellence. A particular attention will be given to applications in relation with the Thematic semesters (Probabilities in 2023, Maths and Health in 2024). The CHL also encourages applications with a structuring project, where researchers from various teams and labs can interract. In this case, we recommand that two support letters from CHL members are provided. Women applications will be particularly encouraged. All applications must go through the webform on the CHL website. Applications must include; a curriculum vitae, a research project, a support letter from a local supporting person (from the host the lab), at least one recommandation letter from a person outside of CHL. Apply. Nombre de postes ouverts 4 Date d'ouverture des candidatures Tue, 11/23/2021 - 08:00 Date de fermeture des candidatures Mon, 01/31/2022 - 23:59
En savoir plus :	https://www.lebesgue.fr/en/node/4681 2201_4post docs.pdf
Contact :	caroline.sezestre@univ-rennes1.fr

Biostatisticien Recherche Translationnelle

Publiée le 09/01/2022 15:50.

CDD, Institut Claudius Regaud. IUCT-O 1 avenue Irène Joliot Curie 31059 Toulouse.

Entreprise/Organisme :	Institut Claudius Regaud IUCT-O
Niveau d'études :	Master
Date de début :	Dès que possible
Durée du contrat :	12 mois renouvelable
Secteur d'activité :	Oncologie
Description :	L’Institut Claudius Regaud, Centre de Lutte Contre le Cancer de la région Midi-Pyrénées au sein de l’Institut Universitaire du Cancer Toulouse Oncopôle (IUCT-O), campus de recherche en cancérologie d’envergure européenne, recrute un Biostatisticien Recherche Translationnelle au sein de la cellule Biostatistics & Health Data Science. Mission : Dans le cadre des activités de la cellule B&HDS et en collaboration étroite avec les équipes cliniques et de recherche translationnelle, vous prendrez en charge des études translationnelles et cliniques en oncologie Principales activités : • Participer à l’élaboration des protocoles • Programmer les analyses statistiques des études cliniques, des données de biomarqueurs mais aussi potentiellement des données de grande dimension nécessitant des méthodes spécifiques • Réaliser les analyses et rapports statistiques des études translationnelles et cliniques • Travailler en étroite collaboration avec les équipes cliniques et de recherche translationnelle • Garantir la traçabilité et l’archivage des programmes qui ont servi à l’analyse statistique des données • Assurer un support statistique dans le cadre de la communication de résultats (abstracts, posters, manuscrits) • Participer à la rédaction des publications scientifiques issues des études • Participer à la veille méthodologique et développer des travaux de recherche en biostatistiques appliquées à la recherche translationnelle (biomarqueurs, données à haute dimension…) • Suivre le projet avec l’ensemble de l’équipe projet (Clinicien, Responsable, Data Managers,…)
En savoir plus :	www.iuct-oncopole.fr offre_biostat_transla_vf.pdf
Contact :	filleron.thomas@iuct-oncopole.fr

Anticiper les variations de productions alimentaires causées par el Niño via un modèle prédictif

Publiée le 09/01/2022 15:50.

Référence : Stage M2 ENSO.

Stage, Nouméa, Nouvelle Calédonie.

Entreprise/Organisme :	Innov'Aquaculture sarl
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Valider les Proofs of Concepts obtenus lors d'un Ocean Hackathon à Nouméa (dans le cadre de l'Ocean Hackathon international 2021 organisé par le Campus de la Mer de Brest) montrant la possibilité de prédire à 6-12 mois les impacts positifs ou négatifs des variations du phénomène El Niño/la Niña ("ENSO) sur les productions aquacoles, halieutiques et agricoles dans la zone inter-tropicale.
Date de début :	1er Mars 2022
Durée du contrat :	6 mois
Rémunération :	750 Euros/mois + billet avion AR + téléphone et abonnement
Secteur d'activité :	Aquaculture et Science des Données
Description :	Il s'agit d'identifier, collecter, nettoyer et organiser différents ensembles et séries temporelles de données pour valider les concepts réalisés en 30 heures et transformer ces POC en Minimum Valuable Product sous forme de programme disponible en ligne. Le travail devra commencer avec des données complètes et raisonnablement fiables en Nlle Calédonie pour commencer, puis probablement d'autres pays de la zone intertropicale. En termes d’encadrement, au quotidien, je serai le principal contact, en présentiel plusieurs fois par semaine (dans le respect des règles sanitaires du moment) mis à part les semaines de mes voyages hors NC (compte tenu de la pandémie, ces voyages seront nettement plus réduits qu’auparavant). Durant mes quelques voyages, je resterai à superviser le travail à en visio. En termes scientifiques et techniques, les contacts établis et/ou à établir sont : • Marc Bourotte, Data scientist, actuellement cadre de banque à Nouméa, qui a fait partie de l’équipe du Hackathon et a apporté une grande contribution à la réussite du travail de l’équipe. Il reste à définir les possibilités et options de contribution de sa part pour 2022, mais il souhaite continuer à contribuer d’une façon ou d’une autre. • Antonio Alvarez, Data scientist Equatorien, également membre de l’équipe Hackathon, qui vient de s’installer il y a 2 semaines pour 2 ans à Berlin pour faire un Master en Statistiques et qui est intéressé pour continuer à participer. Il est envisageable d’établir une collaboration avec son université allemande • L’université de Nouvelle Calédonie (à préciser). Ils devaient participer à notre équipe, mais pour des raisons de manque de disponibilité ils ont annuler leur participation). • Le Service Data Sciences et développeurs de la CPS (Communauté du Pacifique) qui travaille beaucoup sur les prédictions des ressources halieutiques dans le Pacifique Sud, notamment du fait du réchauffement climatique. Ils trouvent a priori notre projet complémentaire du leur en étant conscients qu’ils n’ont pas les moyens humains pour s’intéresser au « court terme » et sachant que notre projet de focalise sur la pêche, plus que la ressource (qui évidemment sont liées, certes). • Pourquoi pas Météo-France NC qui a montré un grand intérêt à notre travail. • Et bien sûr Agro-Campus Ouest (à préciser également)
En savoir plus :	www.innovaquaculture.com
Contact :	regis.bador@innovaquaculture.com

Stage : Analyse statistique du risque de gel dans le contexte du changement climatique

Publiée le 09/01/2022 15:50.

Stage, Palaiseau ou Grenoble.

Entreprise/Organisme :	Inrae-Inria
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Analyse statistique du risque de gel dans le contexte du changement climatique
Date de début :	à partir du 1er mars 2022
Durée du contrat :	6 mois
Rémunération :	gratification environ 600€ par mois
Description :	L’objectif du stage est de développer des modèles statistiques permettant de calculer la probabilité d’avoir un ou plusieurs jours de gel après une période de températures élevées en fin d’hiver favorisant un développement précoce de la végétation.
En savoir plus :	https://www6.inrae.fr/mia-paris/Offres-d-emploi/Stages-de-master/Stage-M2 sujet-stage-gel.pdf
Contact :	liliane.bel@agroparistech.fr

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