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Poste PR section 26 statistique

Publiée le 14/11/2023 11:56.

CDI, Pau.

Entreprise/Organisme :	Université de Pau et des Pays de l'Adour
Niveau d'études :	Autre
Date de début :	Septembre 2024
Durée du contrat :	Fonctionnaire
Rémunération :	Selon grille fonctionnaire
Secteur d'activité :	Enseignement supérieur & recherche
Description :	Un poste de professeur(e), section 26, en statistique, devrait mis au concours en 2024 à l’Université de Pau et des Pays de l’Adour pour une prise de fonction en septembre 2024. Le poste sera rattaché au Laboratoire de Mathématiques et de leurs Applications de Pau (LMAP UMR CNRS 5142) pour la recherche et au département Science des Données (SD) de l'IUT des Pays de l'Adour pour l’enseignement. Le LMAP et le département SD se trouvent sur le campus palois de l’Université de Pau et des Pays de l’Adour.
En savoir plus :	https://lma-umr5142.univ-pau.fr/fr/vie-du-laboratoire/recrutement.html PostePR26StatUPPA-1.pdf
Contact :	ivan.kojadinovic@univ-pau.fr

24-Month PostDoc on Modeling Urban Bioeconomy at INRAE

Publiée le 14/11/2023 11:56.

Postdoc, Montpellier ou Narbonne.

Entreprise/Organisme :	INRAE
Niveau d'études :	Doctorat
Date de début :	01/01/2024
Durée du contrat :	24 months
Rémunération :	From €2604 to €3293 gross/month
Description :	See attached file.
En savoir plus :	https://www6.montpellier.inrae.fr/narbonne/ Position for a 24-Month PostDoc on Modeling Urban Bioeconomy.pdf
Contact :	jean-philippe.steyer@inrae.fr

Stage M2 : Méthode bayésienne de sélection d’effets aléatoires : application en génétique

Publiée le 14/11/2023 11:56.

Stage, Montpellier.

Entreprise/Organisme :	Cirad
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Méthode bayésienne de sélection d’effets aléatoires : application en génétique
Date de début :	Janvier/Février 2024
Durée du contrat :	de 4 à 6 mois
Rémunération :	611 euros
Description :	Que ce soit dans le s domaine s de la médecine ou de l’agronomie, l’identification des régions du génome impliquées dans la variation des caractères d’intérêt est essentielle . Par exemple chez l’humain, une meilleure identification contribue à développer des stratégies thérapeutiques plus efficaces et chez les plantes, cela améliore la compréhension des mécanismes d’adaptation face aux changements climatiques. Les approches statistiques actuellement utilisées dans les études de génétique sont des approches de sélection d’effets fixes (méthodes stepwise backward/forward, méthodes de vraisemblance pénalisées, etc). Ces approches peuvent présenter certaines limites notamment à l’heure du « big data » l’information génétique sous forme de marqueurs moléculaires ou issue du séquençage peut être extrêmement dense et les populations étudiées sont de plus en plus complexes car composées de cohortes d’origines génétiques différentes. Il s’avère donc particulièrement intéressant de se tourner vers des méthodes permettant de résumer l’information génétique disponible de façon pertinente Récemment des approches appelées Regional Heritability Mapping (Resende et al., 2017) ont été proposées. Leur originalité repose sur l’utilisation de l’information moléculaire (les pour décomposer la variabilité génétique totale en une multitude de variabilités induites par des relations locales estimées en chaque position du génome. Dans ces approches, un modèle linéaire mixte est utilisé afin d’associer à chaque position du génome un effet aléatoire ayant pour matrice de covariance une matrice de similarité génétique calculée à partir des marqueurs. L’identification des positions pertinentes se traduit alors par la sélection d’effets aléatoires dans un modèle linéaire mixte. Dans ce contexte, des approches de sélection bayésienne d’effets aléatoires ont été proposées (Lu et al .., 2015 , Heuclin et al., 2023 ). Ces approches, bien que prometteuse s présente nt deux voies d’amélioration : d’une part la prise en compte de la structure de dépendance entre les positions génomiques le long du génome et d’autre part une meilleure estimation des matrices de similarité génétique. Un premier objectif de ce travail de recherche sera d’utiliser les approches introduites dans la sélection bayésienne d’effets fixes avec une structure de dépendance comme le Bayesian Fused Lasso (Kyung et al., 2010) aux effets aléatoires . Une extension consistera à adapter ce type d’approches dans le modèle de Heuclin et al. (2023) afin de pénaliser les différences successives des composantes de la variance des effets aléatoires. Un autre objectif est de mieux comprendre l’influence/l’impact du nombre de m arqueurs considérés pour le calcul des matrices, d’explorer la structure des liens d’apparentement le long du génome et d’optimiser le calcul des matrices en fonction du génome. Une possibilité envisagée est d’estimer des fonctions de similarité continues (Besnier and Carlborg, 2007) 2007). Une application sur le palmier à huile sera faite sur un dispositif simple pour étudier un caractère d’intérêt pour lequel le gène responsable de la variabilité phénotypique est connu.
En savoir plus :	https://www.cirad.fr SujetStage.pdf
Contact :	marie.denis@cirad.fr

Compréhension entre les liens statistiques et biologiques dans le contexte des réseaux de gènes

Publiée le 14/11/2023 11:56.

Stage, Montpellier.

Entreprise/Organisme :	Cirad
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Compréhension entre les liens statistiques et biologiques dans le contexte des réseaux de gènes
Date de début :	Janvier/Février 2024
Durée du contrat :	4 à 6 mois
Rémunération :	611 euros
Description :	Contexte : Que cela soit dans les domaines de la médecine et de l’agronomie, des données omiques (génétique, transcriptomique, métabolomique, etc.) sont générées pour répondre à certaines questions biologiques. Ces données peuvent être utilisées pour inférer des réseaux biologiques. Un réseau biologique est constitué de nœuds représentant des molécules telles que des gènes, métabolites..., et des arêtes représentant les connections statistiques ou biologiques entre ces molécules. Différentes méthodes statistiques ont été développées pour inférer des réseaux en identifiant des liens directs (par ex. corrélations partielles) (Altenbuchinger et al., 2020) ou indirects (par ex. corrélation de Pearson) (Langfelder and Horvath, 2008). Malgré l’utilisation de ces approches dans de nombreuses études visant à étudier des mécanismes biologiques d’intérêt, l’adéquation entre les liens statistiques et biologiques reste encore à explorer (Serin et al., 2016). Il s’avère donc essentiel d’étudier les apports de chaque méthode ainsi que leur complémentarité en lien avec la question biologique d’intérêt. Objectif du Stage : Comparaison des réseaux de gènes estimés avec différentes méthodes statistiques et des processus biologiques identifiés dans ces réseaux en lien avec l’adaptation des plantes à leur environnement. Pour atteindre cet objectif, le candidat aura les missions suivantes : • Revue bibliographique portant sur la comparaison des structures des réseaux de gènes (He et al., 2019) et sur leur validation biologique • Identifier des méthodes de sélection des gènes adaptées à la question biologique • Mettre en œuvre avec le logiciel R les méthodes d’inférence de réseaux de gène (WGCNA, GGM, etc.) • Validation biologique des réseaux inférés • Rédiger un R Markdown destiné aux biologistes • Aide pour l’intégration des analyses à l’interface de visualisation R Shiny développée dans l’UMR AGAP
En savoir plus :	https://www.cirad.fr Draft Sujet Stage CCA.pdf
Contact :	marie.denis@cirad.fr

Stage M2 Recherche : Clustering de données fonctionnelles

Publiée le 14/11/2023 11:56.

Référence : Stage M2 Clustering CNAM.

Stage, 2 rue Conté, 75003 Paris.

Entreprise/Organisme :	Conservatoire National des Arts et Métiers
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Classification non-supervisée pour l’identification de paysages acoustiques homogènes
Date de début :	Février 2024
Durée du contrat :	6 mois
Rémunération :	Gratification
Secteur d'activité :	Recherche académique, océanographie
Description :	Stage M2 pour une durée de 6 mois, avec possibilité de poursuite en thèse. Le sujet porte sur de la classification de trajectoires (données fonctionnelles) avec application en océanographie. Voir descriptif complet en pièce jointe.
En savoir plus :	https://vincentaudigier.weebly.com/uploads/1/7/3/1/17317324/stage_m2_oceano-1.pdf stage_M2_oceano-1.pdf
Contact :	vincent.audigier@cnam.fr

Etude de la variation et l’effet de l’interaction génotype-environnement au sein d’une collection eu

Publiée le 14/11/2023 11:55.

Stage, Bâtiment A Campus du Végétal, rue Georges Morel (IRHS, Angers).

Entreprise/Organisme :	Institut Agro, Rennes Angers, site d'Angers
Niveau d'études :	Master
Date de début :	janvier
Durée du contrat :	6 mois
Description :	Le niveau de plasticité ainsi que l’adaptation des plantes en fonction de critères considérés connaissent un regain d’attention du fait des modifications rapides et erratiques du climat. Des travaux précédents au sein de l’équipe ont permis d’étudier la variabilité pour la teneur en métabolites d’intérêt chez la carotte, et mis en évidence les effets de stress combinés et d’interaction génotype*environnement (Perrin et al. 2017, Chevalier et al. 2021, 2022) permettant une première évaluation du niveau de plasticité sur quelques variétés modernes de carotte. Un des objectifs du projet EVA est de mieux connaitre le niveau de variation de critères d’intérêt en fonction d’environnement variés et sur une base génétique large. Soixante accessions de carottes détenues par quatre banques de gènes et originaires de seize pays ont été évaluées pour plus de 50 traits aux côtés de deux variétés commerciales sur 2 années consécutives et 5 à 10 essais par an à travers l'Europe, de l’Italie à la Suède. Les caractères notés correspondent à des descripteurs agromorphologiques et d’intensité de présence de bioagresseurs au cours de la culture (en conditions d’infection naturelles, sans traitements). Parallèllement, les données agroclimatiques sont en cours de collecte pour chacun des essais.
En savoir plus :	https://www.ecpgr.cgiar.org/eva 2024 Proposition stage EVA carrot IRHS.pdf
Contact :	angelina.elghaziri@institut-agro.fr

Stage M2 - Polluants chimiques et maladie d’Alzheimer : approche par mélange multi-polluants

Publiée le 14/11/2023 11:55.

Stage, Irset, Inserm U1085, Université de Rennes (Rennes).

Entreprise/Organisme :	BPH, Inserm U1219, Université de Bordeaux
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Concentrations sanguines en polluants organiques persistants et risque de maladie d’Alzheimer : approche par mélange multi-polluants
Date de début :	mars 2024
Durée du contrat :	5-6 mois
Rémunération :	Gratification selon grilles
Secteur d'activité :	Epidémiologie et Biostatistiques
Description :	L’objectif du stage est d’étudier l'association entre l'exposition aux polluants organiques persistants et le risque de démence et de maladie d’Alzheimer, en utilisant une approche par mélange multi-polluants. Le projet mettra à profit la cohorte des Trois-Cités (Bordeaux), une cohorte de personnes âgées de plus de 65 ans bénéficiant d’un suivi bisannuel d’environ 17 ans avec la détection systématique des cas de démence et de maladie d’Alzheimer, et d’une quarantaine de biomarqueurs de POP mesurés dans le plasma d’environ 500 participants à l’inclusion. Une revue de littérature des différentes méthodes permettant de mettre en œuvre des analyses multi-polluants sera réalisée afin de sélectionner une ou deux méthodes adaptées à la problématique (ex: approches « Quantile g-computation » et « Bayesian Kernel Machine Regression » (BKMR)). La revue de littérature permettra d’éclaircir si ces méthodes sont adaptées à l’étude de l’incidence de la démence (analyse de survie, modèle de Cox). Le modèle d’analyse multi-polluants retenu sera appliqué aux données de la cohorte des Trois-Cités pour évaluer l’effet du mélange de POP sur le risque de maladie d’Alzheimer, identifier les substances les plus contributrices aux effets du mélange et explorer les effets d’interaction entre les substances, tout en prenant en compte un ensemble de facteurs de confusion
En savoir plus :	NA Offre_stage M2_2024_POPART.pdf
Contact :	sophie.lefevre-arbogast@u-bordeaux.fr

Professeur Nantes Université

Publiée le 07/11/2023 17:38.

CDI, Nantes.

Entreprise/Organisme :	Nantes Université, Laboratoire de mathématiques Jean Leray
Niveau d'études :	Autre
Description :	Le Laboratoire de Mathématiques Jean Leray recrute un/une professeur développant des recherches dans la thématique de la Statistique. La personne recrutée effectuera sa recherche au sein de l’équipe Aléa du laboratoire Jean Leray et ses enseignements au département de mathématique de la Faculté des sciences et des techniques de Nantes Université.
En savoir plus :	https://www.math.sciences.univ-nantes.fr/fr Fiche de poste E-EC_2024_PR_Statistique_final.pdf
Contact :	anne.philippe@univ-nantes.fr

Maître de conférences en statistique à Nantes Université

Publiée le 07/11/2023 17:38.

CDI, Nantes.

Entreprise/Organisme :	Nantes Université, laboraire de mathématiques Jean Leray
Niveau d'études :	Autre
Description :	Le Laboratoire de Mathématiques Jean Leray recrute un/une Maitre de Conférences développant des recherches dans la thématique de la Statistique. La personne recrutée effectuera sa recherche au sein de l’équipe Aléa du laboratoire Jean Leray et ses enseignements au département de mathématique de la Faculté des sciences et des techniques de Nantes Université.
En savoir plus :	https://www.math.sciences.univ-nantes.fr/fr Fiche de poste E-EC_2024_MCF_Statistique.pdf
Contact :	anne.philippe@univ-nantes.fr

Data Scientist stagiaire (f/m/d) - AI Factory / Forecast - Combinaison d'experts

Publiée le 07/11/2023 13:17.

Stage, Nantes, Paris.

Entreprise/Organisme :	Decathlon
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Data Scientist stagiaire (f/m/d) - AI Factory / Forecast - Combinaison d'experts Offre détaillée: https://digital.decathlon.net/jobs?contract=0#job-4239610101
Date de début :	À partir de Février 2024
Durée du contrat :	6 mois
Description :	Utilisation de méthodes de mélanges de prédicteurs pour l'amélioration de la prévision de ventes en magasin pour la chaîne d'approvisionnement
En savoir plus :	https://digital.decathlon.net/jobs?contract=0#job-4239610101
Contact :	raphael.nedellec@decathlon.com

Stage M2 Tabagisme pendant la grossesse et méthylation de l'ADN dans le sang de cordon

Publiée le 07/11/2023 13:17.

Référence : STEPS_Tobacco_Cordblood_DNAm.

Stage, Grenoble.

Entreprise/Organisme :	INSERM
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Associations between maternal tobacco smoking during pregnancy and cord blood DNA methylation using gene candidate and epigenome-wide approaches
Date de début :	Janvier 2024
Durée du contrat :	6 mois
Secteur d'activité :	Recherche
Description :	Maternal tobacco smoking during pregnancy is a real burden and public health issue as its prevalence is estimated to be around 16% in Western Countries. Maternal tobacco smoking is related to numerous pregnancy complications affecting mothers and fetuses (such as extrauterine pregnancy, low intrauterine growth, prematurity, low birth weight for gestational age) but also to later child health, cognitive development and behavior (Zeitlin et al. 2015, Nakamura et al. 2020, Nakamura et al. 2021). A few underlying mechanisms have been proposed. They include alterations in epigenetic mechanisms such as DNA methylation (DNAm). DNA methylation does not change DNA sequences of nucleotides; can be replicated through cell divisions and can be either reversible or persist via biological memory (Rousseaux et al. 2020). DNA methylation can be altered by environmental factors ranging from diet to maternal stress and to pollutants such as arsenic, persistent organic pollutant, endocrine disruptors, air pollutants, and tobacco smoke, especially during the earlier stages of the child’s development as the epigenome undergoes considerable reprogramming during gametogenesis and the preimplantation embryonic stage (Abraham et al. 2018, Nakamura et al. 2021, Rousseaux et al. 2020). In a recent study conducted by our team, on 568 placenta samples of women from the EDEN cohort study (Heude et al. 2015), either actively smoking during their pregnancy, formerly exposed to tobacco smoking, or not exposed to tobacco smoking during pregnancy (Rousseaux 2020), 152 differentially methylated regions (DMRs) were identified with “reversible” alterations of DNA methylation, which were only present in the placenta of current smokers, whereas 26 DMRs were also found altered in former smokers who had quit smoking prior to pregnancy and whose placenta had not been exposed directly to cigarette smoking. This study was partly replicated in another sample of 341 placenta samples of women from the EDEN cohort study. Altogether, these data suggested that tobacco smoking during pregnancy could impact the transcription of genes normally regulated by mechanisms involving DNA methylation as well as how it could affect the development and growth of the fetus. However, epigenetic marks are known to be tissue-specific and highly specific to cell types in tissues. Up to date, to our knowledge, only one study was able to study the effects of maternal tobacco smoking during pregnancy on DNA methylation using several tissues. The aim of this internship is to test the associations between maternal tobacco smoking during pregnancy and cord blood DNA methylation levels, using both candidate genes (ie. hits identified in our previous studies using placenta samples) and epigenome wide (EWAS) approaches.
En savoir plus :	xx M2_Internship_TobaccoSmoking_CordBloodDNAm_2024.pdf
Contact :	aurelie.nakamura@univ-grenoble-alpes.fr

Postdoctorat en épidémiologie - Arythmies cardiaques après radiothérapie pour un cancer du sein

Publiée le 06/11/2023 17:11.

Référence : PsD_SAN_23.

Postdoc, Toulouse (31) ou Fontenay-aux-Roses (92).

Entreprise/Organisme :	Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN)
Niveau d'études :	Doctorat
Date de début :	février 2024
Durée du contrat :	18 mois
Rémunération :	env. 2500€ /mois
Secteur d'activité :	Epidémiologie
Description :	Le stage post-doctoral s'appuiera sur les données collectées dans le cadre de l'étude WATCH YOUR HEART (ClinicalTrials.gov ID NCT06073509). Il permettra de renforcer les connaissances sur le risque d’arythmies cardiaques après radiothérapie pour le cancer du sein, pour les fibrillations atriales (notamment la fréquence de FA silencieuse à 5 ans post-RT), mais également pour d’autres formes d’arythmies cardiaques 5 ans après la RT. L’évaluation des relations dose-réponse entre les doses absorbées au cœur et sous structures cardiaques et ces pathologies d’intérêt permettra un gain de connaissance sur l’existence d’un lien de causalité éventuel et préciser d’éventuels seuils de dose aux sous-structures cardiaques qui permettraient de limiter le risque. Ces résultats pourront fournir des pistes de recommandations de stratégies de prévention primaire et secondaire afin de limiter les séquelles des RT et améliorer la qualité de vie des patientes. https://irsn-career.talent-soft.com/offre-de-emploi/emploi-arythmies-cardiaques-apres-radiotherapie-pour-un-cancer-du-sein-evaluation-du-risque-a-5-ans-h-f_404.aspx
En savoir plus :	https://irsn-career.talent-soft.com Offre de post_doc_PsD SAN 23_IRSN_Toulouse.pdf
Contact :	sophie.jacob@irsn.fr

Stage M2 : Développement d'indicateurs de biodiversité sur la base de données nationale PROPAGE

Publiée le 03/11/2023 20:33.

Stage, UMR 7204 – Centre d’écologie et des sciences de la conservation (CESCO), 43 rue Buffon, 75005 Paris.

Entreprise/Organisme :	Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN)
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Stage M2 : Développement d'indicateurs de biodiversité sur la base de données nationale PROPAGE (PRotocole PApillons GEstionnaires)
Date de début :	Janvier 2024
Durée du contrat :	6 mois (+2 mois de vacations)
Description :	Structure d'accueil et lieu du stage : Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) UMR 7204 – Centre d’écologie et des sciences de la conservation (CESCO), 43 rue Buffon, 75005 Paris. Encadrement : Martin JEANMOUGIN, Coordinateur Observatoires Gestionnaires – Vigie-Nature UMR 7204 CESCO-Patrinat-MNHN, Paris. Benjamin BERGEROT, Enseignant-Chercheur – Université de Rennes UMR 6553 Ecobio, Rennes. Contexte scientifique : Les suivis participatifs de Vigie-Nature ont été mis en place pour collecter des données standardisées sur l’abondance des espèces communes et la composition des communautés à larges échelles spatiales et temporelles en France. Ces données permettent d’élaborer des indicateurs sur l’état de la biodiversité, comme les tendances temporelles des espèces communes mais aussi pour améliorer la compréhension des impacts anthropiques sur la biodiversité, e.g. en fonction des pratiques de gestion des espaces naturels ou anthropisés. Sur ce dernier point, peu d’études ont permis de pousser les réflexions à l’échelle nationale. Le Propage est un suivi des papillons de jours dans les espaces verts et naturels gérés par des professionnels. Ce protocole a pour objectif de mesurer l'évolution des populations des papillons de jour et d’évaluer l'impact des pratiques de gestion sur ces communautés. Objectifs du stage : Les données du Propage sont riches (plus de 10 ans de données sur environ 450 transects à l’échelle nationale) mais sous-exploitées. Elles concernent le suivi des papillons mais également des caractéristiques du milieu (type d'habitat, modalité de gestion, etc.). Les objectifs de ce stage sont de : • Tester quels sont les indicateurs de biodiversité qui sont les plus sensibles vis-à-vis des pratiques de gestions (pour les différentes espèces de papillons suivies et l’ensemble de la communauté) • Analyser la robustesse des indicateurs mis en évidence • Combiner ces différents indicateurs afin de fournir aux gestionnaires participant au Propage un outil d'aide à la décision Compétences requises : Stagiaire de niveau Master 2. Ce stage repose exclusivement sur l'analyse de la base de données du Propage. L’étudiant.e mobilisera des outils statistiques fréquentistes uni- et multivariés ainsi que de visualisation avec le logiciel R pour développer des indicateurs mesurant l’impact des pratiques de gestion sur la biodiversité. Des connaissances sur les invertébrés, et notamment les papillons est un plus mais pas une obligation. Bibliographie et sites de références : - Daubercies, A., Jeanmougin, M. 2023. Bilan 2022 du Propage, 20p. Accès web - Fontaine, B., Bergerot, B., Le Viol, I. and Julliard, R. 2016. Impact of urbanization and gardening practices on common butterfly communities in France. Ecology and Evolution, 00: 1–7. doi: 10.1002/ece3.2526 - Bergerot B., Fontaine B., Julliard R. & Baguette M. 2011. Landscape variables impact the structure and composition of butterfly assemblages along an urbanization gradient. Landscape Ecology, 26:83-94. - Plateforme des protocoles Propage et Florilèges : www.suivis-espaces-verts.fr - Présentation du protocole Propage de Vigie-Nature : www.vigienature.fr/fr/propage Durée du stage : 6 mois L'étudiant.e sera dans une équipe dynamique, et en interaction avec plusieurs chercheurs de différents instituts avec des points réguliers hebdomadaires. Des déplacements entre Paris et Rennes sont envisageables. Des financements (vacations, 2 mois) sont prévus pour prolonger le stage. Date de début souhaitée : Janvier 2024 Modalités de candidature : CV et lettre de motivation à martin.jeanmougin@mnhn.fr et benjamin.bergerot@univ-rennes.fr
En savoir plus :	www.suivis-espaces-verts.fr Stage M2 - Analyses données nationales Protocole Papillons Gestionnaires (Propage) - MNHN-Vigie-Nature-Univ.Rennes.pdf
Contact :	martin.jeanmougin@mnhn.fr

Stage de M2 en Biostatistiques : Histoire évolutive d’une tumeur

Publiée le 01/11/2023 12:49.

Référence : Stage M2 Montpellier Biostatistiques.

Stage, Montpellier.

Entreprise/Organisme :	Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG)
Niveau d'études :	Master
Sujet :	Histoire évolutive d’une tumeur
Date de début :	Février ou Mars
Durée du contrat :	4 à 6 mois
Rémunération :	Selon la grille légale
Secteur d'activité :	Recherche
Description :	Projet de recherche dans le cadre de l'ANR IdenTHiC, portée par Alice Cleynen. Le stage sera encadré par Gilles Didier et Paul Bastide, à l'IMAG. Voir le ficher PDF joint pour une description du sujet.
En savoir plus :	xx stageM2.pdf
Contact :	paul.bastide@umontpellier.fr

Métamodélisation pour la sélection de variables en grande dimension dans les modèles non linéaires à

Publiée le 01/11/2023 12:49.

Stage, Jouy-en-Josas (Ile-de-France).

Entreprise/Organisme :	INRAE
Niveau d'études :	Master
Description :	Les modèles à effets mixtes permettent d'analyser des observations collectées de façon répétée sur plusieurs individus. La variabilité intrinsèque aux données est alors attribuable à différentes sources (intra-individuelle, inter-individuelle, résiduelle) dont la prise en compte est essentielle pour caractériser sans biais les mécanismes biologiques à l'origine des observations. Dans un modèle à effets mixtes, la variabilité entre individus est décrite au moyen de covariables et d'effets aléatoires. Les covariables décrivent les différences entre individus dues à des caractéristiques observées tandis que les effets aléatoires représentent la part de la variabilité entre individus qui n'est pas attribuable aux covariables mesurées. En amélioration des plantes, les modèles non linéaires à effets mixtes sont utilisés pour décrire le développement des plantes en fonction de leurs génotypes et des conditions environnementales. Ils permettent de comprendre le rôle des interactions entre le génotype et l'environnement dans l'évolution de la plante et sont utilisés pour prédire les performances de différentes variétés dans des conditions environnementales spécifiques. Les covariables considérées sont généralement de grande dimension puisque les variétés sont caractérisées par des milliers de covariables génétiques (des marqueurs moléculaires par exemple). Par ailleurs, certains modèles non linéaires à effets mixtes utilisés en amélioration des plantes sont construits à partir de modèles écophysiologiques qui simulent de façon très précise les différentes étapes du développement de la plante et sont coûteux à évaluer. Dans ce cas spécifique, les temps de calculs requis par les algorithmes d'inférence classiques sont trop importants pour qu'ils puissent être utilisés sur données réelles. L'objectif du stage est d'implémenter des techniques de métamodélisation dans la procédure SAEMVS (Naveau et al., Preprint hal-03685060, 2023) pour faire de la sélection de variables en grande dimension dans ces modèles complexes.
En savoir plus :	https://madelattre.github.io/ SujetM2.pdf
Contact :	maud.delattre@inrae.fr

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