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PhD Position: Lost Lifetime due to Cancer: A Deconvolutional Approach to Relative Survival Analysis
Publiée le 09/07/2026 10:37.
Thèse, Marseille.
Entreprise/Organisme :SESSTIM, Université Aix-Marseille
Niveau d'études :Master
Description :This PhD project focuses on developing new statistical methods for survival analysis in cancer epidemiology, centered on the notion of lost lifetime due to disease. The aim is to build interpretable nonparametric and regression models for lost lifetime distributions, study their theoretical properties, design hypothesis tests, implement open-source software, and apply the methods to real-world cancer registry data. More information is available in the full PDF offer.
En savoir plus :https://sesstim.univ-amu.fr/
phd_offer.pdf
Contact :oskar.laverny@univ-amu.fr
Differentiable Calibration Losses for Multi-Class Machine Learning Models
Publiée le 08/07/2026 11:13.
Thèse, Louvain-la-Neuve, Belgium.
Entreprise/Organisme :UCLouvain / Lidam
Niveau d'études :Master
Secteur d'activité :Machine Learning and Statistics
Description :We are seeking a motivated PhD candidate to work on a doctoral project at the intersection of machine learning, statistics, and reliable artificial intelligence. Modern classification models, especially deep neural networks, often output probability scores. These scores are commonly interpreted as confidence levels. For example, if a model assigns a probability of 70% to a class, one would expect the prediction to be correct approximately 70% of the time. A model satisfying this property is said to be well calibrated. In practice, high predictive accuracy does not guarantee good calibration. Many modern classifiers are accurate but overconfident or underconfident. This is problematic when probability scores are used to support decisions, risk assessment, medical prediction, fraud detection, ranking systems, or any setting where the reliability of the predicted probabilities matters. The objective of this PhD project is to develop differentiable calibration losses for multi-class machine learning models. The goal is to move beyond post-hoc calibration methods and design calibration criteria that can be directly incorporated into the training of neural networks.
En savoir plus :https://www.uclouvain.be/en/research-institutes/lidam
PhDposition_UCLouvain.pdf
Contact :olivier.caelen@uclouvain.be
Postdoc : Modèles de mélange bayésiens pour l’estimation d’effets neurotoxiques post radiothérapie
Publiée le 06/07/2026 18:07.
Postdoc, Fontenay-Aux-Roses (92).
Entreprise/Organisme :Autorité de Sûreté Nucléaire et de Radioprotection (ASNR)
Niveau d'études :Autre
Sujet :La radiothérapie (RT) cérébrale est l’un des outils clé dans le traitement des tumeurs du système nerveux central (SNC). Malgré des progrès techniques indéniables, une altération post-RT de différentes fonctions cognitives, susceptible d’altérer significativement la qualité de vie des longs survivants, a été rapportée dans de nombreuses études. Le projet de recherche EpiBrainRad s'intéresse plus particulièrement à l'hypothèse selon laquelle la progression post-RT de plages de leucoencéphalopathie (PDLs), visibles à l’IRM cérébrale, ferait partie des mécanismes neurotoxiques radio-induits susceptibles d’altérer les fonctions cognitives chez des patients traités par RT cérébrale. Ces travaux de postdoctorat s’intègreront dans le projet ANR RADIO-AIDE (2002-2027), dérivé du projet EpiBrainRad et coordonné par l’ASNR. Ils auront pour objectif de répondre à certains des questionnements cliniques portés par le projet EpiBrainRad via le développement de modèles probabilistes spatio-temporels (ST) et de méthodes d’apprentissage statistique bayésien efficaces. Des segmentations longitudinales de différentes structures cérébrales et lésions post-RT visibles à l’IRM cérébrale seront notamment utilisées comme données d’entrée des modèles. De précédents travaux de recherche réalisés au sein du LEPID ont conduit à proposer un modèle de mélange Markovien ainsi qu’un algorithme d’apprentissage bayésien spécifique afin de permettre une estimation, à échelle du voxel, de l’association potentielle entre la dose de rayonnements ionisants (RI) reçue par certains tissus sains intracérébraux et la progression temporelle de PDLs post-RT. Les travaux réalisés dans ce post-doctorat viendront compléter ces premiers travaux puis traiter les questions cliniques en lien avec l’occurrence de troubles cognitifs post-RT.
Date de début :A partir de septembre 2026
Durée du contrat :12 mois (renouvelable)
Secteur d'activité :Santé
Description :Le candidat retenu devra être titulaire d'un doctorat en statistiques mathématiques ou en statistiques appliquées et justifier d'une expérience : - en statistique bayésienne (notamment en matière de mise en œuvre d'algorithmes d’inférence) - en analyse d’images. Il devra posséder des connaissances en langage de programmation C++ et Python. Il devra être capable de travailler de manière autonome et de communiquer avec clarté et pédagogie sur ces travaux.
En savoir plus :https://recherche-expertise.asnr.fr/recherche/projet-radio-aide
PostdocRADIOAIDE_Ancelet.pdf
Contact :sophie.ancelet@asnr.fr
Thèse : modélisation stochastique individus centrée pour la sélection génétique des poules pondeuses
Publiée le 06/07/2026 15:13.
Référence : OT-29357.
Thèse, UMR PEGASE, 16 Le Clos, 35590 Saint-Gilles.
Entreprise/Organisme :INRAE
Niveau d'études :Master
Sujet :Modélisation de plans de sélection pour la résilience en poules pondeuses
Date de début :01/11/2026
Durée du contrat :36 months
Rémunération :2300 € bruts mensuels
Secteur d'activité :Génétique Quantitative Animale
Description :Vous serez accueilli.e en co-encadrement entre deux unités de recherche d'INRAE : Votre lieu principal d’affectation sera au sein de l’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR PEGASE), située en Bretagne, à 10 km de Rennes. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. Au sein de l’unité, l’équipe Génétique et Génomique Avicole (GGA) étudie, entre autres, l’optimisation des stratégies d’amélioration génétique innovantes pour accroître la multi-performance et la longévité des poules pondeuses, favorisant ainsi des systèmes d’élevage plus résilients. Cette thèse est co-encadrée par des chercheurs de l’unité mixte de recherche Génétique Animale et Biologie Intégrative (UMR GABI), située en région parisienne. Des agents d’INRAE mènent, au sein de leur équipe Génétique Utile Pour les Poissons et les Insectes en agroÉcologie (GUPPIE), des travaux sur la modélisation des plans de sélection pour les espèces élevées en grands groupes. Dans le cadre de ce co-encadrement, des séjours réguliers à Jouy-en-Josas auront lieu, un séjour d’immersion de quelques mois est souhaitable. Ce projet de thèse s'inscrit dans un contexte de transition agroécologique où la fin programmée de l'élevage en cage en Europe impose de nouveaux défis. Les systèmes alternatifs (plein air, bio) exposent davantage les poules aux aléas climatiques, sanitaires et aux interactions sociales négatives comme le picage, les animaux évoluant dans de grands groupes. L'objectif de la thèse est de concevoir des stratégies de sélection multicritères pour accroître la résilience des animaux face à ces perturbations, tout en prolongeant la durée de carrière des poules. L’objectif central de votre thèse sera de développer et d'évaluer, par modélisation stochastique, des stratégies de sélection favorisant la résilience à différentes échelles (population, système et groupe). Vos activités se diviseront en trois phases principales : · Analyse de données réelles : Vous exploiterez des données commerciales issues du sélectionneur Novogen (portant sur plus de 7000 poules) pour évaluer l’impact des interactions sociales (picage, comportement de ponte via nids électroniques) sur les caractères de production et de qualité des œufs selon le système d'élevage. · Modélisation des interactions sociales à l'échelle du groupe : Vous proposerez des stratégies de sélection innovantes pour limiter la compétition et favoriser la coopération entre poules élevées en grands groupes (plusieurs milliers d'individus), en utilisant des approches individus-centrés pour simuler l'impact des aléas environnementaux. · Modélisation multicritère à l'échelle de la population : Vous développerez des modèles et des stratégies de sélection pour préserver la diversité génétique et maintenir l'adaptabilité globale de la lignée.
En savoir plus :https://jobs.inrae.fr/ot-29357
BEDERE_PEGASE_2_vf_diffusion.pdf
Contact :nicolas.bedere@inrae.fr
PhD : longitudinal analyses for breeding programs in laying hens
Publiée le 06/07/2026 12:29.
Référence : OT-29356.
Thèse, UMR PEGASE, 16 Le Clos, 35590 Saint-Gilles.
Entreprise/Organisme :INRAE
Niveau d'études :Master
Sujet :Selection criteria for hens to improve their resilience to environmental variations
Date de début :01/09/2026
Durée du contrat :36 months
Rémunération :28000 € gross per annum
Secteur d'activité :Quantitative genetics applied to livestock
Description :You will be welcomed in the unit Physiology, Environment and Genetics for Animals and Livestock Systems joint research unit (UMR PEGASE), located in Brittany, 10 km from Rennes. INRAE and Institut Agro staff conduct research and provide training in animal biology and breeding systems. Within the unit, the Avian Genetics and Genomics team (GGA) studies, among other things, the genetic determinism of laying hen adaptation to innovative and sustainable rearing environments. Cage rearing of laying hens is disappearing in Europe, in favor of alternative systems that offer living conditions more respectful of animal welfare. In 2020, 52% of laying hens in the European Union were raised in alternative systems to cages. An end to cage farming in the European Union is even planned in the short term, following the End the Cage Age citizens' initiative. In these alternative systems, animals are more exposed to hazards that disrupt their living environment, such as a heatwave or the emergence of a virus. It is therefore crucial to select animals that are resilient, i.e. less sensitive to these disturbances. Thanks to new high-throughput phenotyping tools, such as an electronic nest, we have access to information enabling us to study animal responses to hazards, such as changes in egg-laying rhythms, from which indicators of resilience can be derived. The aim of this thesis will be to propose selection criteria for improving animal resilience based on these longitudinal phenotyping data. - First, it will be necessary to explore several indicators of resilience (logarithm of variance of deviations, reaction norm coefficient, curve modeling and parameters, UpDown method parameters, GAMs method parameters...) and to determine their genetic parameters (heritabilities and genetic correlations, including with other selection criteria). - The genetic determinism of these traits will then be studied by QTL detection. - Finally, simulations will be used to assess the impact of selection on resilience, according to scenarios that differ in terms of frequency and intensity of climatic and sanitary disturbances.
En savoir plus :https://jobs.inrae.fr/en/ot-29356
BEDERE_PEGASE_1_EN_diffusion.pdf
Contact :nicolas.bedere@inrae.fr
Bayesian Spatiotemporal Small Area Estimation for Forest Disturbance Monitoring
Publiée le 30/06/2026 11:50.
Référence : phd-xrisks2026.
Thèse, Nancy, France.
Entreprise/Organisme :Institut national de l'information géographique et forestière (IGN)
Niveau d'études :Master
Sujet :spatio-temporal, bayesian, small area estimation, forest monitoring, forest inventory, remote sensing
Date de début :Fall 2026
Durée du contrat :3 years
Rémunération :~2300 euros (gross)
Description :Climate change is increasing the frequency and severity of forest disturbances (e.g., droughts, wildfires, storms, and insect outbreaks), which are inherently localized and evolve rapidly across space and time. While national forest inventories (NFIs) provide unbiased estimates of forest resources at large scales, they are not designed to quantify localized events when local sample sizes are small. Remote sensing technologies (LiDAR, satellite imagery) can detect and map disturbed areas with high precision, but they do not directly measure essential forest attributes such as the volume of timber affected. Model-assisted estimation offers a partial solution: by incorporating remote sensing data as auxiliary covariates, it is possible to reduce the variance of design-based estimators without sacrificing their design-based validity. However, this approach relies on asymptotic guarantees and on auxiliary data that are strongly correlated with field measurements, conditions that are difficult to satisfy at fine spatial and temporal resolutions or when disturbances are rare and localized. This PhD will develop a methodological framework for high-resolution monitoring of forest disturbances using French NFI data. Funded by the Institut national de l’information géographique et forestière (IGN) as part of its commitment to advancing operational forest monitoring, the project will build on Bayesian small area estimation (SAE) methods that borrow statistical strength across space and time when local data are insufficient. Building on the Fay-Herriot model and its spatiotemporal extensions, the project will exploit approximately 20 years of French NFI data to produce coherent posterior distributions of forest disturbance indicators at fine spatial resolution. Inference will likely be carried out using Integrated Nested Laplace Approximation (INLA), which provides substantial computational advantages over MCMC and makes near-real-time updating operationally feasible. A key methodological objective is to develop Bayesian spatiotemporal SAE methods that remain design-consistent, or approximately design-consistent, while benchmarking naturally to official inventory estimates. Particular emphasis will be placed on estimating forest attributes for disturbance-defined domains identified through remote sensing, even when these domains evolve over time (e.g., bark beetle outbreaks) and are not known at the survey design stage. More broadly, the project aims to develop computationally efficient statistical workflows for operational forest disturbance monitoring. The methods will be developed at the Laboratory of Forest Inventory (LIF) in Nancy, France using real NFI and satellite data to produce high-resolution maps of disturbance severity in terms of affected timber volume. Reproducible tools, including software packages and an interactive application, will be developed to facilitate operational implementation.
En savoir plus :https://lif-geodata.github.io/LIF/phd-xrisks.html
Contact :alexander.massey@ign.fr
BIOSTATISTICIEN /INGENIEUR DE RECHERCHE - H/F – CDD 100%
Publiée le 18/06/2026 14:44.
Référence : BIOSTAT 2026 RG4485.
CDD, Nantes.
Entreprise/Organisme :Registre des cancers de Loire-Atlantique/Vendée
Niveau d'études :Doctorat
Date de début :01/09/2026
Durée du contrat :16 mois
Rémunération :selon expérience
Secteur d'activité :Santé
Description :Le registre des cancers de Loire-Atlantique/Vendée (Nantes) recrute un biostatisticien expérimenté (doctorat en biostatistiques) pour une durée de 16 mois à compter de septembre 2026. La mission s'inscrit dans le cadre du programme SHS-épidémiologie du projet SIRIC-ILIAD2 et consistera à travailler sur les inégalités sociales et géographiques dans la survie du cancer du sein à partir de données populationnelles déjà recueillies dans 5 registres de cancer et des données du SNDS. La personne recrutée travaillera en collaboration avec l’épidémiologiste coordinateur de l'étude et en lien avec l’équipe des épidémiologistes du registre ainsi qu’avec les partenaires scientifiques du projet (en particulier l’unité Inserm CERPOP, l’Institut de Cancérologie de l’Ouest, Réseau régional de Cancérologie) et les partenaires institutionnels (ARS, Région).
En savoir plus :No link
Recrutement_BIOSTAT_ RCLAV_2026.pdf
Contact :registre4485@chu-nantes.fr
High-dimensional data analysis with survival models in the presence of competing risks
Publiée le 16/06/2026 18:07.
Référence : Phd Thesis.
Thèse, Lille, France.
Entreprise/Organisme :Centre Inria de l’Université de Lille
Niveau d'études :Master
Sujet :High-dimensional data analysis with survival models in the presence of competing risks
Date de début :Octobre/Novembre 2026
Durée du contrat :3 ans
Description :The aim of the PhD thesis is to develop a new statistical method for variable selection in the context of survival analysis, with competing risks, where measurements are repeated over time on thousands of variables simultaneously. This PhD project is funded by the Numetab cross disciplinary project (Numerical transition in Obesity and Metabolic Research, PI: Pr. Pattou and Pr. Marot). The application will be to identify new omics markers (transcriptomics, metabolomics, proteomics) for predictive purposes in order to adapt patients’ treatment (Precision Health). The originality of the statistical approach consists in simultaneously addressing three scientific challenges: i) high-dimensional analysis (more variables than individuals), ii) analysis of competing risks in the context of survival models and iii) analysis of longitudinal data (repeated measurements on the same individuals). Results are expected both in terms of biostatistical methodology and software to provide a clinical decision support tool.
En savoir plus :https://www.inria.fr/en/datavers
phd_topic_2026.pdf
Contact :genia.babykina@gmail.com
Détection précoce du colmatage des buses Cold Spray par approche hybride physique–données
Publiée le 11/06/2026 16:55.
Référence : LIST3N-CS-PINN-2026.
Stage, Unievrsité de Technologie de Troyes.
Entreprise/Organisme :LIST3N/UTT
Niveau d'études :Master
Sujet :Développement d'une approche hybride physique–données pour l'estimation de l'état de santé de buses Cold Spray et la détection précoce du colmatage à partir de données capteurs et de modèles physics-informed.
Date de début :septembre/octobre 2026
Durée du contrat :6 mois
Secteur d'activité :Recherche académique
Description :Le laboratoire LIST3N (UTT) propose un stage de recherche en mathématiques appliquées et science des données dans le cadre d'un projet mené en collaboration avec le CRITT TJFU. Le sujet porte sur la détection précoce du colmatage de buses utilisées dans le procédé industriel Cold Spray à partir de données capteurs et de modèles physiques simplifiés. Le stage vise à développer une approche hybride combinant modélisation physique, analyse statistique, séries temporelles et apprentissage automatique (Physics-Informed / Physics-Guided Machine Learning) afin d'estimer l'état de santé d'une buse et d'anticiper les dérives du procédé. Les travaux incluront l'analyse de données réelles, le développement d'algorithmes sous Python et l'évaluation de méthodes adaptées à des contextes de données rares.
En savoir plus :https://recherche.utt.fr/list3n
LIST3N-CS-PINNS-Offre-stage-.pdf
Contact :malika.kharouf@utt.fr

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