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Analyse des multi-résistances chez E. coli à partir d’approches de fouille de données
Publiée le 13/01/2023 16:08.
Référence : StageBioInfo.
Stage, Laboratoire MESuRS, 292 Rue Saint-Martin, 75003 Paris.
Entreprise/Organisme :Conservatoire national des arts et métiers
Niveau d'études :Master
Sujet :Les bactéries multirésistantes aux antibiotiques, qui ne sont plus sensibles qu’à un nombre restreint d’antibiotiques, sont de plus en plus répandues, avec d’importantes conséquences potentielles en termes de morbidité et de mortalité. Mieux connaître les profils de multirésistance peut aider à limiter la sélection de ces bactéries et à optimiser la prise en charge des infections associées. Les approches de fouille de données basées sur la recherche de règles d’association (« association rule mining ») peuvent être utilisées pour identifier les principaux profils de multirésistance ainsi que leur fréquence, comme l’a démontré une étude récente sur S. aureus s’appuyant sur des données internationales.
Date de début :entre Février et Avril
Durée du contrat :5à 6 mois
Secteur d'activité :recherche / épidémiologie/ bio-informatique
Description :Le stage visera à analyser des données issues d’un large système français de surveillance de l’antibiorésistance en ville et en Ehpad (https://medqualville.antibioresistance.fr/), afin de mieux comprendre les phénomènes de multirésistance chez E. coli. Une première analyse consistera à décrire les résistances observées dans la base de données sur la période 2018-21, en fonction de l’âge des individus concernés, de leur origine géographique, du site de prélèvement etc. Dans un deuxième temps, l’ensemble des profils de multirésistance présents dans les données seront identifiés à l’aide d’un outil d’association mining (algorithme Apriori). Différentes métriques seront calculées afin de décrire la fréquence de ces profils et d’évaluer la probabilité qu’ils reflètent de véritables résistances croisées (support, indice de confiance, lift). Enfin, des « réseaux de résistance » seront reconstruits, permettant une visualisation graphique des profils de multirésistance les plus significatifs, tels qu’identifiés par des tests statistiques. Dans la mesure du possible, toutes ces analyses seront réalisées par année d’étude et par région, afin d’être en mesure d’étudier les dynamiques temporelles et géographiques
En savoir plus :NA
Contact :laura.temime@lecnam.net
Poste PR Statistique, Optimisation à Toulouse
Publiée le 10/01/2023 08:37.
Référence : Poste PR UPS-IMT.
CDI, Toulouse.
Entreprise/Organisme :Université Paul Sabatier
Niveau d'études :Doctorat
Date de début :01/09/2023
Secteur d'activité :Enseignement Supérieur et Recherche
Description :Un poste de Professeur des Universités en Statistique, Optimisation sera ouvert au concours pour la rentrée 2023 à l'Université Toulouse 3 Paul Sabatier. La personne recrutée intègrera l'Institut de Mathématiques de Toulouse (IMT). Les personnes intéressées sont invitées à contacter Pierre Neuvial. Le processus de candidature passera par le portail Galaxie.
En savoir plus :https://www.math.univ-toulouse.fr/fr/recherche/teams/statistiques-et-optimisation/
PR_Maths_26_IMT_2023_web.pdf
Contact :pierre.neuvial@math.univ-toulouse.fr
Ingénieur de Recherche Envirotypage (H/F)
Publiée le 07/01/2023 21:36.
Référence : 022-7916.
CDD, Chappes (63) - France.
Entreprise/Organisme :Limagrain Europe
Niveau d'études :Master
Secteur d'activité :Semences de Grandes Cultures
Description :As a research engineer within the Native Trait team, you will strengthen activities on environmental characterization and understanding of Genotype * Environment interactions. The objective of the team is to support Limagrain Field Seed's breeding activities to improve the tolerance of crops to various abiotic stresses, relying notably on phenotyping, envirotyping, quantitative genetics tools and crop models. You will provide support on the following aspects: - develop and implement methods to characterize variety adaptation to different target markets - taking into account Genotype * Environment interactions - implement a methodology to optimize trial networks and assess trial network adequacy regarding markets - develop tools to visualize results - integrate of all these steps into existing tools You will work closely with the Breeding and Biostatistics teams and will rely on the team's internal expertise developed over several years. Please apply directly on our Limagrain job site.
En savoir plus :https://tinyurl.com/4ju9ffew
2022-7916 Ingénieur Recherche Envirotypage.pdf
Contact :pierre-edouard.couret@limagrain.com
Poste PR à Saint Etienne
Publiée le 05/01/2023 14:57.
CDI, Saint Etienne.
Entreprise/Organisme :Université Jean Monnet / Institut Camille Jordan
Niveau d'études :Doctorat
Description :Profil du poste: Mathématiques appliquées et interactions: statistique, modélisation, équations aux dérivées partielles
En savoir plus :https://www.univ-st-etienne.fr/fr/icj.html
FST_ICJ_Profil 26 PR GESUP 0024 ICJ-2.pdf
Contact :driss.essouabri@univ-st-etienne.fr
Apprentissage de modèles d’association entre épigénome et transcriptome
Publiée le 05/01/2023 13:38.
Référence : EPIPREDICT.
Stage, Rennes.
Entreprise/Organisme :L'Institut Agro Rennes Angers
Niveau d'études :Master
Date de début :Février ou Mars 2023
Durée du contrat :6 mois
Rémunération :Environ 550€/mois
Secteur d'activité :Recherche en statistique appliquée aux sciences du vivant
Description :Dans le contexte actuel de réchauffement global, les organismes qui coexistent au sein des agro-écosystèmes et plus particulièrement les pathogènes et ravageurs des plantes doivent faire face à d’importantes variations climatiques avec des conséquences potentiellement néfastes sur leur physiologie et leur potentiel de nuisibilité. Face à ces épisodes dont la fréquence et la durée sont difficiles à anticiper, les organismes doivent répondre rapidement afin de mettre en place des phénotypes leur permettant de survivre en s’acclimatant. A des échelles de temps longues, la création de variabilité génétique par recombinaison constitue une option pour pérenniser de nouveaux génotypes et phénotypes adaptés à ces conditions extrêmes. En revanche, à des échelles de temps plus courtes, des mécanismes épigénétiques (changements d’accessibilité de la chromatine, marques de modifications post-traductionnelles des histones et méthylation de l’ADN) constituent un moyen efficace et flexible pour modifier rapidement l’expression des gènes et produire de nouveaux phénotypes permettant de répondre à ces nouvelles contraintes environnementales. Ce code épigénétique est souvent étudié par des approches de séquençage haut-débit, générant de gros volumes de données de nature hétérogènes, pour lesquelles les méthodes d’analyses actuelles en limitent la compréhension. Le projet EPIPREDICT propose de développer des approches statistiques et mathématiques innovantes afin d’identifier dans ces données les éléments qui permettent de décrire les variations de l’expression des gènes (notamment ceux responsables de la capacité de la virulence et de l’agressivité des pathogènes et ravageurs), en considérant les caractéristiques spatiales des génomes. In fine, décoder comment les gènes s’expriment en réponse à l’environnement pourrait permettre de fournir un modèle d’aide à la décision pour développer des agro-écosystèmes résilients et économiquement viables. Afin d’appuyer la réflexion sur ces approches, nous disposons de données transcriptomiques (RNA-seq) et épigénomiques (ChIP-seq ou CUT&RUN), issues de technologies de séquençage à haut débit, obtenues sur un champignon filamenteux pathogène du blé et producteur de mycotoxines, Fusarium graminearum. Notre premier objectif est d’explorer les relations à l’échelle du génome entre expression de gènes et diverses marques histones afin de caractériser finement à l’échelle moléculaire l’état épigénomique et transcriptionnel du génome de cet organisme. Les signaux obtenus par ces approches sont par natures hétérogènes et complexes à décrire. L’étude de l’association entre l’expression d’un gène et les données épigénomiques s’y rapportant doivent tenir compte de connaissances biologiques préalables mais aussi d’un modèle pour données fonctionnelles rendant compte de la forte dépendance, à la fois entre les gènes dont les expressions sont mutuellement régulées (on parle de réseau) mais aussi au sein même des signaux épigénomiques et d’expression. La grande dimension des données couplée à cette double structure de dépendance définit un nouveau paradigme pour élaborer des méthodes de tests multiples et de prédiction optimales.
En savoir plus :https://dcauseur.netlify.app/Offre_de_stage_M2_EpiPredict.pdf
Offre de stage M2 - Apprentissage de modèles d'association entre épigenome et transcriptome.pdf
Contact :david.causeur@agrocampus-ouest.fr
INGENIEUR-E STATISTICIEN-NE JUNIOR F/H
Publiée le 05/01/2023 13:38.
Référence : 2022-1895.
CDD, Champs-sur-Marne (77).
Entreprise/Organisme :Centre Scientifique et Technique du Bâtiment (CSTB)
Niveau d'études :Master
Date de début :Immédiat
Durée du contrat :12 mois
Secteur d'activité :Data Science ; Qualité des Environnements Intérieurs
Description :CONTEXTE ET MISSIONS : La Direction Santé Confort du CSTB recherche un(e) Ingénieur(e) Statisticien(ne) Junior dans le cadre d'un CDD d'une durée de 12 mois sur notre site de Champs-sur-Marne (77). Le poste consiste à conduire les analyses statistiques en priorité dans le cadre de la Campagne Nationale Logements 2 démarrée en 2020. Le projet continue avec une équipe dédiée déjà en place et des livrables sont attendus pour le 3ème trimestre 2023. Si le temps le permet, d’autres missions pourront être menées dans le cadre d'autres projets de recherche et d'expertise de la direction (QUARTET, expertises Atlantic, projets de recherche CSTB Data&Indices). VOS MISSIONS INCLUENT : 1/ La validation des données collectées lors de la campagne à grande échelle et leur préparation pour les analyses statistiques (mise en œuvre de stratégies d’imputation des données manquantes, gestion de données censurées). 2/ La mise en œuvre du traitement statistique : - Méthodes d’enquêtes et de sondage (redressement). - Méthodes de classification (analyses discriminantes et arbres). - Modélisation (régression linéaire, logistique, modèles multiniveaux, panel et variabilité temporelle). - La rédaction des rapports d’études et des publications scientifiques associés, la contribution à tout support écrit de valorisation. - La mise à disposition des données en open access. PROFIL RECHERCHE : Vous êtes titulaire d'un diplôme de niveau BAC+5 minimum, type Master en Statistiques ou en Data Science. Vous disposez d'une expérience d'au moins 2 ans sur un poste similaire. La maîtrise d’au moins un de ces logiciels SAS, R ou du langage de programmation Python est indispensable. La connaissance de la théorie des sondages serait un plus. Qualités rédactionnelles et relationnelles et aptitude au travail en équipe pluridisciplinaire. Rigueur, autonomie, agilité et adaptation.
En savoir plus :talents.cstb.fr
2022-1895 INGENIEUR-E STATISTICIEN-NE JUNIOR.pdf
Contact :joris.stotzer@cstb.fr
Stage Biostatistiques : Analyses de type 'tipping point' pour critères de survie (H/F)(1488)
Publiée le 03/01/2023 20:42.
Référence : 1488.
Stage, Suresnes (92) / Gif-sur-Yvette (91).
Entreprise/Organisme :Servier
Niveau d'études :Master
Sujet :Analyses de type 'tipping point' pour critères de survie
Durée du contrat :6 mois
Secteur d'activité :Industrie Pharmaceutique
Description :Traditionally, tipping point analysis explores the influence of missingness on the overall conclusion of the treatment difference by shifting the imputed missing values in the treatment group towards the reference group until the result becomes non-significant. Over the past years, tremendous efforts have been made to develop statistically rigorous methods for tipping point analysis in clinical trials for continuous and for binary or categorical endpoints. However, less attention has been paid to studies with time-to-event outcomes. The objective of this research project is to investigate how methods that are widely used for time-to-event outcomes can be extended in a clinically meaningful and interpretable way to test the censor-at-random assumption. Specifically, we focus on the tipping point approach to perform sensitivity analyses and identify a tipping point for the parameters of interest that would nullify the overall conclusion that was favorable to the treatment. Based on the clinical plausibility of the scenario of the tipping point, robustness of the primary analysis results can then be assessed.
En savoir plus :https://jobs.servier.com/job-invite/1488/
Stage Biostat_Tipping point for survival analyses_1488.pdf
Contact :celine.jean-boisde@servier.com
Recherche Biostatisticien-ne junior pour Cohorte épidémiologique nationale sur le cancer du foie
Publiée le 02/01/2023 19:41.
Référence : Poste biostatisticienn-ne junior CHU Amiens.
CDI, Amiens.
Entreprise/Organisme :CHU Amiens
Niveau d'études :Master
Date de début :immédiate
Durée du contrat :5 à 6 ans potentiels correspondant au suivi de la cohorte
Rémunération :selon grille hospitalière et expérience
Secteur d'activité :Santé-Recherche clinique
Description :Recherche biostatisticien (ne) junior pour gestion et analyse de la base de données de la cohorte épidémiologique nationale sur le cancer du Foie CHIEF. la cohorte est à 2 ans d'inclusion. 5 ans de suivi minimums prévus. La gestion de la cohorte est située à Amiens (Registre des cancers-chu). Encadrement assuré par le médecin-statisticienne senior et le PUPH d'épidémiologie du CHU, coordinateur adjoint de la cohorte (Pr Ganry).
En savoir plus :3w.chu-amiens.fr
PRESENTATION CHIEF (english).pdf
Contact :ganry.olivier@chu-amiens.fr
Analyse statistique des minéralomasses prélevées par les variétés de palmiers à huile
Publiée le 02/01/2023 19:41.
Référence : Stage Biostat Nutripalm.
Stage, Montpellier.
Entreprise/Organisme :CIRAD - UMR ABSys
Niveau d'études :Master
Sujet :Le stage s'inscrit dans le cadre d'un projet visant à limiter les apports d'engrais dans les plantations de palmier à huile en sélectionnant des variétés utilisant les ressources de manière plus efficiente. Confrontés aux questions environnementales concernant la cuture du palmier à huile, les créateurs de variétés souhaitent obtenir un matériel performant prélevant le moins possible d'éléments minéraux dans le sol. Le projet Nutripalm entre l'UMR ABSys et la société Palmelit a permis de collecter les données de minéralomasses prélevées par différentes variétés. L'étude proposée maintenant vise à comprendre la transmission génétique des caractères d'efficience des engrais en adoptant un modèle statistique approprié pour estimer la variabilité génétique et les covariances entre apparentés.
Date de début :Avril 2023
Durée du contrat :5 ou 6 mois
Rémunération :Environ 600 € par mois
Secteur d'activité :Recherche agronomique
Description :L'objectif du stage est d'estimer, à partir d'une base de données de minéralomasses mesurées sur un grand nombre de variétés de palmiers à huile, quelle est la variabilité observée entre croisements pour les caractères d'efficience d'utilisation des ressources du sol et d'évaluer leur héritabilité d'une génération à l'autre. Le stage consistera à choisir un modèle statistique à effets aléatoires permettant de tenir compte du pedigree des croisements observés pour expliquer les données (modèle mixte ou bayésien), puis à estimer la variance existant entre les croisements ainsi que les corrélations génétiques et l’héritabilité de ces caractères. Le modèle permettra de prédire les valeurs génétiques des parents (BLUP) utilisés dans le plan de croisements observé. Le stage sera réalisé sous la supervision des statisticiens, agronomes et généticiens du Cirad et de Palmelit.
En savoir plus :https://umr-absys.cirad.fr/
Stagiaire Biostat genetique quanti et fertilisation des plantes.pdf
Contact :albert.flori@cirad.fr
Modélisation spatio-temporelle en neurosciences à l'aide de processus de Hawkes
Publiée le 30/12/2022 18:34.
Référence : Stage M2 Hawkes et Neurosciences.
Stage, Sorbonne Université (75005).
Entreprise/Organisme :LPSM
Niveau d'études :Master
Durée du contrat :6 mois maximum
Description :(voir pdf)
En savoir plus :https://sites.google.com/site/charlottedionblanc/
stage2023.pdf
Contact :charlotte.dion_blanc@sorbonne-universite.fr
Energy-efficient Green VNF-FG placement and chaining for softwarized 5G/6G mobile networks
Publiée le 13/12/2022 09:02.
Référence : M2stage_network.
Stage, SAMOVAR Lab, Télécom SudParis, Institut Polytechnique de Paris.
Entreprise/Organisme :ENSIIE and SAMOVAR Lab, Télécom SudParis, Institut Polytechnique de Paris
Niveau d'études :Master
Sujet :Network service provision, energy efficiency, machine learning, resource allocation, optimization, deep reinforcement learning.
Date de début :Feb-Mar 2023
Durée du contrat :M2 stage for 6 months
Description :Network elements in 5G/6G mobile networks are provided as software implementations of network functions, or Virtual Network Functions (VNFs), which are elastically orchestrated with the help of an SDN controller in the form of Service Function Chains (SFC) to meet dynamic service demands and energy-efficiency purposes. Although Network Function Virtualization (NFV) and cloud-native service orchestration ease the management and automation of network services, their deployment requires the allocation of Virtual Network Function - Forwarding Graphs (VNF-FG). Accordingly, the network service becomes a request for running a set of VNFs that are orchestrated in the form of a VNF-FG, and that should be deployed and embedded on the substrate network. That said, the efficiency and management cost of a network are highly dependent on the optimization of the VNF-FG Embedding (VNF-FGE) problem, which should not only take into account the constraints of the underlying infrastructure and the fulfillment of the service’s requirements in terms of QoS/QoE, but also implies an efficient allocation that reduces energy consumption, carbon footprint, and operational cost of their 5G/6G mobile infrastructures. Although the VNF-FGE topic has been well-studied in existing literature, there is still much to explore since the energy-efficiency aspect has been quite overlooked in many research works. Motivated by this observation, we propose an intelligent energy-efficient algorithm using a multi-agent deep reinforcement learning technique for VNF-FG placement and chaining in NFV/SDN-enabled infrastructures.
En savoir plus :xx
stage_M2_network_learning.pdf
Contact :fetia.bannour@ensiie.fr
Analyse simultanée de spectres de Fluorescence X et Infrarouge pour explorer la diversité de sols
Publiée le 02/12/2022 20:49.
Stage, Nancy, France.
Entreprise/Organisme :UMR 7360 LIEC
Niveau d'études :Master
Sujet :CONTEXTE : De nos jours, plus de 50 % de la surface terrestre hors glaces a été modifiée de manière directe par les activités humaines, majoritairement par les exploitations agricoles et forestières [1]. Cependant, avec l’augmentation de la population, du taux d’urbanisation et de demandes sociétales (nourriture, logement, matériaux, énergie, infrastructures, espaces verts), les sols artificialisés ou anthropisés augmentent aux dépens des sols naturels, agricoles et forestiers [2]. En modifiant les caractéristiques des sols, les activités humaines peuvent affecter leur capacité à remplir des fonctions essentielles au fonctionnement des écosystèmes terrestres et à rendre des services écosystémiques aux sociétés. En effet, les sols assurent la production de biomasse, la filtration de l’eau, le stockage du carbone ou un habitat pour de nombreux organismes. En conséquence, les sols représentent un levier important pour répondre à de nombreux enjeux auxquels l’humanité doit faire face, tels qu’assurer la sécurité alimentaire, limiter et s’adapter au changement climatique ou préserver la biodiversité. Pour répondre à ces enjeux, il est important de mieux comprendre les impacts des usages passés sur le fonctionnement et le potentiel d’évolution des sols anthropisés afin de pouvoir choisir des usages futurs et des méthodes de réhabilitation adaptées et durables. Il existe une large diversité de sols anthropisés en fonction de l’histoire des usages qu’ils ont subie. En particulier, ces sols peuvent contenir des mélanges de constituants organiques et minéraux d’origine naturelle en place ou transportés et d’origine anthropique. Les perturbations liées aux activités humaines (excavation, mélange, tassement, enfouissement) peuvent fortement perturber l’organisation des profils de sols en horizons issus des processus de formation naturelle [3]. L’étude du fonctionnement et de l’évolution des sols anthropisés nécessite de pouvoir appréhender la diversité et la variabilité de ces sols et donc de développer une approche pour pouvoir les comparer et les classer. En pédologie, l’usage des techniques spectroscopiques prend une place de plus en plus importante car elles permettent de concilier rapidité d’analyse et signature de sources et sont utilisées pour estimer certaines propriétés physico-chimiques des sols. En particulier, la spectroscopie de fluorescence X permet de mesurer la composition élémentaire des sols [4] alors que la spectroscopie infrarouge, qui est une spectroscopie vibrationnelle, donne une information moléculaire sur les composés organiques et minéraux des sols [5]. Ces spectroscopies montrent un potentiel pour établir des classifications de sols [6]. La possibilité de générer en peu de temps, un nombre conséquent de données, a nécessité le développement d’outils mathématiques pour les analyser. En physico-chimie, une discipline appelée Chimiométrie a été développée pour justement acquérir une connaissance plus approfondie et une interprétation plus complète des échantillons analysés. Ces approches comprennent la réduction en dimension de données [7], la classification des observations [8] et la modélisation des relations qui peuvent exister entre les variables analysées [9]. DEVELOPPEMENT DU SUJET DE STAGE : L’objectif du stage est donc d’appliquer et de développer des outils de chimiométrie pour exploiter de façon optimale les données de Fluorescence X et/ou Infrarouge obtenues sur un ensemble d’échantillons de sols agricoles, forestiers et anthropisés de la région Grand Est. L’analyse simultanée de l’information moléculaire et élémentaire permettra de différencier les sols en fonction de leur histoire d’anthropisation, d’établir une typologie de sols à l’échelle régionale et de définir des marqueurs d’anthropisation. Pour ce faire, plusieurs stratégies d’analyse des données devront être testées : (1) Trouver le meilleur pré-traitement pour corriger les effets indésirables ou inhérents à la mesure sur les spectres (correction de ligne de base, spikes, etc.). (2) Appliquer différentes méthodes multivariées pour extraire les informations spectrales les plus pertinentes (ACP, MCR-ALS, ICA, etc.) soit en -mono- soit en -multi- blocs. (3) Et enfin, proposer une méthode de classification des données. REFERENCES : [1] Hooke, R.LeB., Martín-Duque, J.F., Pedraza, J., 2012. Land transformation by humans: A review. GSA Today 22, 4–10 (2012). [2] Béchet, B., Le Bissonnais, Y., Ruas, A. (coord. ), Aguilera, A., Andrieu, H., Barbe, E., Billet, P., Cavailhès, J., Cohen, M., Cornu, S., Dablanc, L., Delolme, C., Géniaux, G., Hedde, M., Mering, C., Musy, M., Polèse, M., Weber, C., Frémont, A., Le Perchec, S., Schmitt, B., Savini, I., Desrousseaux, M. Sols artificialisés : déterminants, impacts et leviers d’action, Quæ ed. (2019). [3] Huot, H., Simonnot, M.-O., Morel, J.L. Pedogenetic Trends in Soils Formed in Technogenic Parent Materials. Soil Science 180, 182–192 (2015). [4] Weindorf, D.C., Chakraborty, S. Portable X-ray fluorescence spectrometry analysis of soils. Soil Science Society of America Journal 1, 1384-1392 (2016). [5] Parikh, S.J., Goyne, K.W., Margenot, A.J., Mukome, N.D., Calderón, F.J. Chapter one - Soil Chemical Insights Provided through Vibrational Spectroscopy. Advances in Agronomy 126, 1-148 (2014). [6] Zhang, Y., Hartemink, A.E., Huang, J. Spectral signatures of soil horizons and soil orders – An exploratory study of 270 soil profiles. Geoderma 389, 114961 (2021). [7] Wold, S., Esbensen, K., Geladi, P. Principal Component Analysis. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems (2)1–3, 37-52 (1987). [8] Cocchi, M., Biancolillo, A., Marini, F. Chapter Ten - Chemometric Methods for Classification and Feature Selection, Editors Joaquim Jaumot, Carmen Bedia, Romà Tauler, Comprehensive Analytical Chemistry, 82, 265-299 (2018). [9] Offroy, M., Duponchel, L. Topological data analysis: A promising big data exploration tool in biology, analytical chemistry and physical chemistry. Analytica Chimica Acta 910, 1-11 (2016).
Date de début :Février-Mars-Avril
Durée du contrat :6 mois
Secteur d'activité :Chimiométrie
Description :Le LIEC met en œuvre une recherche interdisciplinaire, alliant les concepts et méthodes de la minéralogie et de la géochimie organique environnementale, de la science du sol, de l’écologie microbienne, de la physico-chimie colloïdale, de l’écotoxicologie, de l’écologie fonctionnelle et de la chimiométrie. Son objectif est de comprendre le fonctionnement des écosystèmes continentaux fortement perturbés par l’activité humaine, avec pour finalité leur réhabilitation.
En savoir plus :https://liec.univ-lorraine.fr/
SpecSols_sujet_stage_2022_2023.pdf
Contact :marc.offroy@univ-lorraine.fr
Stage (possibilité de poursuivre en thèse CIFRE) statistique sur les forêts aléatoires
Publiée le 30/11/2022 19:25.
Stage, Université Bretagne Sud (Vannes).
Entreprise/Organisme :Université Bretagne Sud - Laboratoire de Mathématiques Bretagne Atlantique - SAFRAN
Niveau d'études :Master
Sujet :Group input identification based on the random forests for grouped inputs algorithm: application on aircraft engine data. (Voir la pièce jointe pour une description précise du sujet et des modalités de candidature.)
Date de début :À partir de fin janvier 2023
Durée du contrat :6 mois
Secteur d'activité :Statistiques
Description :The internship will focus on Random Forests for Grouped Inputs (RFGI, Poterie et al. 2018). More precisely, the project will consist of the following three objectives. The first objective will be to study the grouped importance score. This score is the natural extension of the mean decrease in accuracy (MDA) introduced by Breiman (2001). Some recent papers highlight some MDA’s weaknesses and suggest using other importance scores. Then, the first goal will aim at assessing and improving the performance of the group importance score. In supervised problems in which inputs have a group structure, groups are often poorly known or sometimes even completely unknown. Then, this internship's main objective will be to develop an original and data-driven method to perform group identification. The proposed strategy will use the RFGI algorithm. Some approaches based on the grouped importance score [5] and a wrapper strategy such as for instance the methods introduced in [8–10] could be studied. Other methods computationally more efficient could also be proposed. Finally, as with any ensemble method, RFGI models are not directly interpretable. Moreover, the group importance score only enables the identification of relevant predictor groups and does not provide any information about model interpretability [11–13]. So, the third objective of this internship will be to develop a tool to provide insights into how groups of inputs and outputs are related and overcome the lack of interpretability of RFGI models. Each objective will start by establishing a state-of-the-art. Moreover, all methods developed will be thoroughly assessed through experimental studies on several synthetic data sets and on high-dimensional and highly correlated data about aircraft engines. This project will be continued in a Ph.D. thesis (CIFRE thesis).
En savoir plus :NA
Intership_proposal.pdf
Contact :audrey.poterie@univ-ubs.fr
The genetic bases of phenotypic plasticity: a dynamic approach through time, generations and multipl
Publiée le 10/11/2022 08:41.
Référence : Post doc GPR Plant Sciences WP8.
Postdoc, Bordeaux.
Entreprise/Organisme :Université de Bordeaux
Niveau d'études :Doctorat
Sujet :A thirty months’ position supported by Bordeaux Plant Science (BPS) research program is available in the Biogeco research unit in Bordeaux, France. This post-doc position is one of 19 offered positions as part of Bordeaux University excellence BPS program, which will provide access to many scientific events and resources. The post-doc project is part of the project ‘Genetic determinants of phenotypic plasticity to identify a dynamic approach through time, generations and multiple organisms (Dynasty, WP8)’. The impact of phenotypic plasticity (PP) is largely accepted as a driver of adaptation (Pigliucci, 2005). PP dynamics are a major component in acclimation ability (Nicotra et al 2010) but also in adaptation across generations, particularly for perennial plants (Baker et al. 2017; Auge et al, 2019). Four technical and scientific questions will be addressed: (Q1) What biostatistics and modelling approaches can be leveraged to analyse response curves involving time series? (Q2) Have reaction norms of the studied organisms evolved over time or generations? (Q3) What is the contribution of the genetic determinants of PP to quantitative trait variation? (Q4) Are PP genetic determinants independent from those of the classical traits used in breeding programs? The post-doc position will be mainly involved in Q1 and Q2.
Date de début :as soon as possible
Durée du contrat :30 mois
Rémunération :31k€ yearly before-tax salary (approx. 25k€ net)
Secteur d'activité :biologie végétale et génétique quantitative
Description :The aim of the post doc position is to develop mathematical models. These models will be developed for modelling univariate time series and optionally forecasting their evolution. Time series data are already available to characterize temporal trends of PP across different developmental stages. Time series data are available on different models from yeast to tree. Specific bio-statistic methods will be developed to build models based on time-series data, i.e. daily micro-fluctuations of trunk diameter in maritime pine, transpiration responses induced by water deficit in grapevine rootstocks, monitoring of metabolism in Arabidopsis, infection and in vitro growth time-courses in Fusarium, phenological monitoring over several years for cherry tree and strawberry and fermentation kinetics in Saccharomyces. Time related reaction norms are rarely studied and require specific statistical models. Time-related reaction norms will be characterised for each organism based on the biostatistical methods developed previously. Time series data are already available to characterize temporal trends of PP across different developmental stages. To characterize PP over generations (Fusarium, Saccharomyces and Arabidopsis), new phenotypic assays will be carried out. The selection pressure on the PP will be tested over several generations through experimental evolution designs.
En savoir plus :NA
BPS_PostDoc Position WP8_Genetic bases of phenotypic plasticity (Dynasty).pdf
Contact :elisa.marguerit@agro-bordeaux.fr
Postdoctoral position in Statistics in Orsay
Publiée le 19/10/2022 18:19.
Postdoc, Orsay.
Entreprise/Organisme :ANR ASCAI
Niveau d'études :Doctorat
Date de début :au plus tard septembre 2023
Durée du contrat :12 mois
Description :This position fits within the bilateral research program ASCAI between France and Germany funded by ANR and DFG. This project brings together researchers in Statistics and Computer Science from Montpellier, Paris-Saclay, Potsdam and Munich. The general aim of this project is to provide theoretical grounds for a collection of unsupervised learning that includes seriation, ranking, time series segmentation, and hierarchical clustering. In particular, we plan to characterize the optimal (in the minimax sense) learning rates for a class of related latent models. Moreover, many modern unsupervised learning applications are essentially of an online nature - and sometimes decisions have to be made sequentially. For instance, consider a recommender systems that sequentially recommends items to users. In the context where sequential, active recommendations are made, it is important to leverage the underlying latent structure of the individuals. We seek a motivated researcher with a strong mathematical background. Depending on his/her interests, the candidate will work on any topic fitting within ASCAI.
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Contact :elisabeth.gassiat@universite-paris-saclay.fr

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