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Stage M2 : Impact des biothérapies sur les trajectoires de fonction respiratoire dans l’asthme sévèr
Publiée le 09/09/2025 11:44.
Référence : ASTHMEHP2.
Stage, Grenoble.
Entreprise/Organisme :Université Grenoble Alpes
Niveau d'études :Master
Sujet :Impact des biothérapies sur les trajectoires de fonction respiratoire dans l’asthme sévère
Date de début :01 01 2026
Durée du contrat :4 à 6 mois
Secteur d'activité :recherche
Description :Contexte : L’asthme sévère ne représente que 3 à 4 % des asthmes de l’adulte, mais on considère qu’il cumule à lui seul plus de 60 % des coûts médicaux liés à l’asthme. Un patient atteint d’asthme sévère a le plus souvent présenté de multiples exacerbations avant qu’un traitement optimal ne soit mis en route. Il existe une relation forte entre le fait de présenter des exacerbations itératives et le fait d’avoir une fonction respiratoire altérée à l’aune du volume expiratoire maximal en 1 seconde (VEMS). Si le socle du traitement de l’asthme reste la corticothérapie inhalée, l’avènement de traitements par biothérapies au litant des années 2010 a révolutionné la prise en charge de l’asthme sévère. Toutefois, les objectifs des études portant sur les biothérapies ont bien davantage mis en avant le contrôle des exacerbations que l’amélioration de la fonction respiratoire. Chez les patients asthmatiques sévères dont la fonction respiratoire est dans la majorité des cas altérée au moment de la mise en route d’une biothérapie, l’amélioration voire la normalisation de la fonction garde toutefois toute sa place, tant pour éviter des symptômes limitant les capacités d’exercice que pour prévenir le remodelage bronchique. La fonction respiratoire des patients asthmatiques sévères reste peu étudiée. En particulier, la façon dont la fonction respiratoire évolue grâce à la prescription des biothérapies est mal connue. Le registre RAMSES regroupe les données de 2000 patients asthmatiques sévères, suivis entre 3 et 7 ans, dont le VEMS moyen au moment de leur inclusion est de 77 ± 22 % de la valeur prédite et dont un peu plus de la moitié des patients a un VEMS anormal (z-score
En savoir plus :https://chaire-esante.fr/
2026 - stage - asthme sévère.pdf
Contact :sbailly@chu-grenoble.fr
Two-year Postdoc position in Statistics and Probability (funded by AMIDEX)
Publiée le 02/09/2025 10:11.
Postdoc, Marseille.
Entreprise/Organisme :Aix-Marseille University, Marseille Institute of Mathematics
Niveau d'études :Doctorat
Date de début :November-December 2025
Durée du contrat :24 months
Rémunération :according to the French scale
Description :Applications are invited for a two-year full time post-doc position starting in September-October 2025 in the A*MIDEX Chaire d'Excellence-funded project “Nonstationary Models of Biological Signals” (NOMOS), Principal Investigator Prof. Anna Dudek. According to the requirements of this funding program, candidates should not be currently employed by the University of Aix-Marseille and should have obtained their last degree outside AMU. Interviews with candidates will be conducted in English. The selection process will proceed on a continuous basis, with applications reviewed and interviews conducted until the position is filled. Project NOMOS Overview Nonstationary signals are at the forefront of modern statistical analysis, as many observed phenomena cannot be adequately modeled by stationary processes. The NOMOS project aims to develop a new generation of nonstationary models and algorithms for analyzing various biological signals. The project will focus mainly on developing innovative models for biomedical signals with irregular cyclicity and exploring potential machine learning applications. Position Objective: The primary focus of this position is to develop concentration inequalities in the nonstationary setting, specifically for periodic Markov chains and periodic time series. Responsibilities also include coding the proposed algorithms in R or Python, such as methods for splitting periodic time series into regeneration blocks, and applying them to real biomedical datasets. The role requires the ability to effectively communicate technical material and build both internal and external collaborations. Additional responsibilities may include assisting in the supervision of student projects, supporting the development of student research skills, providing instruction, or planning and delivering seminars related to the research area.
En savoir plus :https://drive.google.com/file/d/15Aiogtm-YDaHVJB3ZKRURooA7aRQ46_F/view?usp=sharing
post doc offer sept.pdf
Contact :aedudek@agh.edu.pl
Machine Learning pour l’exploration de la sous-dominance dans les génomes polyploïdes
Publiée le 01/09/2025 11:27.
Référence : Thèse en apprentissage statistique à l'université d'Angers..
Thèse, IRHS / LAREMA.
Entreprise/Organisme :Université d'Angers
Niveau d'études :Master
Sujet :cf. fichier joint
Date de début :01/10/2025
Durée du contrat :3 ans
Rémunération :base fonction publique
Secteur d'activité :Recherche publique
Description :cf. fichier joint
En savoir plus :https://rabier.github.io , https://blog.univ-angers.fr/panloup/ , https://irhs.angers-nantes.hub.in
sujetthese2025.pdf
Contact :charles-elie.rabier@univ-angers.fr
PhD Position: Deep Generative Models of Physical Dynamics
Publiée le 11/06/2025 17:44.
Référence : PhD Position Deep Generative Models of Physical Dynamics, Sorbonne Université, Paris,.
Thèse, Paris.
Entreprise/Organisme :Sorbonne Universite, Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique (ISIR)
Niveau d'études :Master
Sujet :Abstract: AI4Science is an emerging field investigating the potential of AI to advance scientific discovery, with deep learning playing a central role in modeling complex natural phenomena. Within this context, deep generative modeling—which already enables the synthesis of high-dimensional data across modalities such as text, images, and audio—is now opening new avenues for simulating and understanding complex physical systems. This PhD project aims to explore and advance generative deep learning architectures—such as diffusion models, flow-matching networks, and autoregressive transformers—for modeling complex physical dynamical systems arising in domains such as climate, biology, and fluid mechanics. These models hold strong potential for learning flexible, data-driven representations of physical laws. By developing generalizable, cross-physics generative models, this research contributes to the broader vision of AI4Science: accelerating scientific discovery through learned simulation and abstraction.
Date de début :November or December 2025
Durée du contrat :36 mois
Rémunération :2200 per Month Gross Salary + possible teaching vacations
Secteur d'activité :Computer Science, Artificial Intelligence, Machine Learning
Description :This PhD project aims to explore and advance generative deep learning architectures—such as diffusion models, flow-matching networks, and autoregressive transformers—for modeling complex physical dynamical systems arising in domains such as climate, biology, and fluid mechanics. These models hold strong potential for learning flexible, data-driven representations of physical laws. By developing generalizable, cross-physics generative models, this research contributes to the broader vision of AI4Science: accelerating scientific discovery through learned simulation and abstraction. Research Objectives The overarching research question is: Can we develop generative models that learn structured, physically grounded representations of dynamical systems—enabling synthesis, adaptation, and generalization across physical regimes and multiphysics settings? It unfolds into several complementary directions: Latent Generative Models for Physical Dynamics The objective is to design generative models—such as diffusion, flow-matching, or autoregressive models—that learn compact and interpretable latent representations of spatiotemporal dynamics governed by PDEs. These models should: • Capture uncertainty and multimodality in solution trajectories. • Generalize across parametric variations. Learning Across Multiphysics Systems To enable transfer learning across heterogeneous physics, we will explore shared latent representations across families of PDEs: • Using encode–process–decode frameworks. • Applying contrastive or multitask training to uncover reusable physical abstractions. • Designing models invariant to space/time resolution and units. This direction builds toward foundation-like models that capture generalizable physics priors across simulation families. Few-Shot and In-Context Generalization to New Physics To support scientific modeling in data-scarce settings, we will develop methods for few-shot generalization such as: • Fine-tuning latent priors to new PDE systems using limited examples. • Exploring meta-learning and prompt-based adaptation techniques (inspired by in-context learning in language models). • Incorporating known physical constraints into the generative process. The goal is to enable rapid and physically consistent adaptation to previously unseen dynamics with minimal data and supervision. Position and Working Environment The PhD studentship is a three years position starting in October/November 2025. It does not include teaching obligation, but it is possible to engage if desired. The PhD candidate will work at Sorbonne Université (S.U.), in the center of Paris. He/She will integrate the MLIA team (Machine Learning and Deep Learning for Information Access) at ISIR (Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique). References Chen, W., Song, J., Ren, P., Subramanian, S., Morozov, D., & Mahoney, M. W. (2024). Data-Efficient Operator Learning via Unsupervised Pretraining and In-Context Learning. 1–21. http://arxiv.org/abs/2402.15734 Hao, Z., Su, C., Liu, S., Berner, J., Ying, C., Su, H., Anandkumar, A., Song, J., & Zhu, J. (2024). DPOT: Auto-Regressive Denoising Operator Transformer for Large-Scale PDE Pre-Training. Icml. http://arxiv.org/abs/2403.03542 Kassai Koupai, A., Benet, J. M., Yin, Y., Vittaut, J.-N., & Gallinari, P. (2024). GEPS: Boosting Generalization in Parametric PDE Neural Solvers through Adaptive Conditioning. NeurIPS. https://geps-project.github.io/ Kirchmeyer, M., Yin, Y., Donà, J., Baskiotis, N., Rakotomamonjy, A., & Gallinari, P. (2022). Generalizing to New Physical Systems via Context-Informed Dynamics Model. ICML. McCabe, M., Blancard, B. R.-S., Parker, L. H., Ohana, R., Cranmer, M., Bietti, A., Eickenberg, M., Golkar, S., Krawezik, G., Lanusse, F., Pettee, M., Tesileanu, T., Cho, K., & Ho, S. (2024). Multiple Physics Pretraining for Physical Surrogate Models. 1–25 http://arxiv.org/abs/2310.02994 Serrano, L., Wang, T., le Naour, E., Vittaut, J.-N., & Gallinari, P. (2024). AROMA : Preserving Spatial Structure for Latent PDE Modeling with Local Neural Fields. NeurIPS. Serrano, L., Kassai, A., Wang, T., Erbacher P., Gallinari, P., (2025) Zebra: In-Context Generative Pretraining for Solving Parametric PDEs. Zhou, A., Li, Z., Schneier, M., Buchanan Jr, J. R., & Farimani, A. B. (2025). TEXT2PDE: Latent Diffusion Models for Accessible Physics Simulation. ICLR.
En savoir plus :https://pages.isir.upmc.fr/gallinari/open-positions/
2025-05-01-PhD-Description-Generative-models-Physics.pdf
Contact :patrick.gallinari@sorbonne-universite.fr
Ingénieur(e) Data Analyste en pharmacoépidémiologie
Publiée le 19/05/2025 09:45.
CDD, 270 boulevard de Sainte Marguerite, 13009 Marseille.
Entreprise/Organisme :Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille
Niveau d'études :Master
Date de début :Dès que possible
Durée du contrat :1 an renouvelable
Rémunération :https://www.emploi-collectivites.fr/grille-indiciaire-hospitaliere-ingenieur-hospitalier-ih/4/101.ht
Description :Grade et contrat Ingénieur hospitalier (rémunération selon expérience conformément à la grille correspondante) CDD 1 an renouvelable CA et RTT Poste à pourvoir dès que possible Site et service Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille Hôpital Sainte Marguerite 270 boulevard de Sainte Marguerite, 13009 Marseille Service de pharmacologie clinique et pharmacovigilance (cheffe de service : Pr Joëlle Micallef) Unité de pharmacoépidémiologie Organisation du temps de travail et horaires • Poste de jour : Oui • Poste à repos fixe : Oui • Poste à temps plein : Oui • Possibilité d’évolution du poste : Oui • Amplitude horaire du service : 8 h 30 – 19 h 00 • Horaires du poste : 9 h 00 – 17 h 00 avec pause déjeuner, du lundi au vendredi, hors samedi, dimanche et jours fériés Missions générales de l’emploi Le poste à pourvoir est un poste d’ingénieur avec une compétence de Data Analyste pour des projets de pharmacoépidémiologie. Ces projets portent sur l’évaluation de l’utilisation, du mésusage et des risques des médicaments psychoactifs, à partir du Système national des données de santé (SNDS). Ces projets sont coordonnés par le Service Hospitalo-Universitaire de Pharmacologie Clinique et Pharmacosurveillance de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille qui a une expérience de plus de 20 ans pour la recherche et la conduite d’études en pharmacoépidémiologie. La personne recrutée sera en charge du traitement des données du SNDS, en lien direct avec les porteurs du projet. La personne suivra les formations règlementaires pour accéder au portail sécurisé du SNDS (REQ-054-AM, REQ-256-AM et REQ-254-AM ; cf ci-dessous), afin de réaliser le data management et les analyses statistiques. Activités principales • Constituer les jeux de données exploitables à partir de données brutes extraites du SNDS, en fonction des analyses prévues dans le protocole • Construire les variables nécessaires à l’analyse à partir des informations contenues dans les différentes tables d’intérêt et en vérifier la cohérence • Effectuer les analyses statistiques prévues dans le protocole, vérifier les conditions d’applications et proposer des alternatives • Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d’articles • Veiller à la reproductibilité et à la documentation des traitements réalisés Formation et expérience requises • Master ou doctorat en pharmacoépidémiologie, épidémiologie, statistiques, bio-informatique ou santé publique • Expérience appréciée dans l’utilisation des données du SNDS à des fins de recherche, en particulier dans le domaine de la pharmacoépidémiologie Qualités requises • Travailler en équipe et interagir avec différents interlocuteurs (pharmacologues, pharmacoépidémiologistes, médecins, pharmaciens, partenaires scientifiques) • Capacité à apprendre et s’adapter (langages informatiques, méthodes statistiques et de pharmacoépidémiologie) • Sens de l’organisation et de la planification • Autonomie • Raisonnement analytique • Curiosité intellectuelle Connaissances souhaitées ou engagement à les acquérir • Formations « Architecture et données du SNIIRAM/SNDS » (REQ-054-AM, 1 jour, e-learning), « Données d’extraction DCIR pour les accès sur projet » (REQ-256-AM, 2,5 jours, Paris) et « Initiation au PMSI à travers le SNDS » (REQ-254-AM, 3 jours, Paris) pour accéder au SNDS • Traiter des données, manipuler et requêter une base de données volumineuse • Programmer dans un environnement informatique contraint (portail sécurisé du SNDS) • Langages informatiques SQL (Oracle) et R (RStudio), éventuellement SAS (Entreprise Guide) • Statistiques multivariées, analyse de données censurées (modèle de Cox, variables dépendantes du temps), analyse de séries chronologiques (ARIMA) • Connaissance du SNDS • Connaissance en pharmacoépidémiologie ou en épidémiologie • Lecture de l'anglais scientifique et technique Modalités de candidature CV et lettre de motivation à thomas.soeiro@ap-hm.fr et joelle.micallef@ap-hm.fr
En savoir plus :https://fr.ap-hm.fr/service/pharmacologie-clinique-et-pharmacosurveillance-hopital-sainte-marguerite
Ingénieur(e) Data Analyste pour un projet de pharmacoépidémiologie 20250516.pdf
Contact :thomas.soeiro@ap-hm.fr

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