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Postdoctoral research position: AI and clinical prediction in respiratory infections
Publiée le 09/09/2025 13:32.
Référence : AI and clinical prediction in respiratory infections.
Postdoc, Lyon.
Entreprise/Organisme :CERP and Laboratoire Commun de Recherche / bioMérieux, Hospices Civils de Lyon
Niveau d'études :Doctorat
Durée du contrat :18 mois
Description :POSITION OVERVIEW We invite applications for a post-doctoral research position in the AIRISE project, focusing on the development of real-time prediction algorithms for clinical worsening in patients with lower respiratory tract infections. This is an exciting opportunity to apply cutting-edge machine learning methods to a major public health challenge, with direct implications for patient for patient care in hospitals. The successful candidate will join a dynamic interdisciplinary team of clinicians, epidemiologists, and data scientists, contributing to the design and implementation of AI-based solutions that can improve early detection of patient deterioration and guide clinical decision-making. PROJECT CONTEXT AIRISE is a collaborative project involving: • Lyon University Hospital (Hospices Civils de Lyon (HCL)) • bioMérieux, • Center of Excellence in Respiratory Pathogens (CERP, https://cerp-epi.com)) as part of the Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) Using the HCL Data Warehouse (EDS), the project investigates acute lower respiratory tract infections - leading cause of hospital admissions worldwide. These infections, caused by bacteria or viruses, can occur in the community or in hospitals and require rapid and appropriate management. Some patients may show signs of deterioration that increase the risk of admission to intensive care, with potentially serious consequences for their prognosis, quality of life, and hospital costs. The role of the postdoctoral researcher is to develop AI models capable of identifying these signs of deterioration as early as possible, leveraging patients’ clinical and biological data, as well as their temporal evolution. The ultimate goal is to build a real-time prediction system to support clinicians in optimizing patient management. KEY RESPONSABILITIES • Manage and ensure the quality of data extracted from HCL EDS. • Perform descriptive statistics, including risk factor analysis and survival models. • Design, develop and test AI algorithms to handle specific data characteristics (sparse and time series) and predict real-time risk of worsening. Build interpretable models providing transparent explanations on risk assessments. • Work as an integral member of a multidisciplinary data science team, collaborating closely on data management, statistical analyses, and AI development. • Work in close collaboration with clinicians to adjust and validate predictive models. • Write scientific papers and technical reports. • Present the findings at national and international congresses. QUALIFICATIONS Required: • Ph.D. in Data Science, Computer Science, Biostatistics, or a related field • Proficiency in machine learning/AI and data analysis • Experience with R and/or Python • Excellent written and oral communication and interpersonal skills • Strong analytical and problem-solving abilities • Curiosity and a proactive attitude toward research and innovation • Fluency in French and English Preferred: • Experience in clinical data analysis or healthcare domain • Familiarity with Electronic Health Records (EHR) systems and data • Proven track record of publishing in peer-reviewed journals • Strong interpersonal skills and the ability to work effectively in a team-oriented, interdisciplinary environment APPLICATION PROCESS Interested candidates should submit the following documents: • CV • Cover letter • Contact details of references Please send your application directly to: • Dr. Cédric Dananché (cedric.dananche@chu-lyon.fr) • Pr. Marta Nunes (marta.nunes@chu-lyon.fr) • Dr. Maxime Bodinier (maxime.bodinier@biomerieux.com) Application deadline: September 30, 2025 Affiliation: Hospices Civils de Lyon (HCL) Start Date: November 1, 2025 AFFILIATION AND WORK ENVIRONMENT The postdoctoral researcher will be affiliated with Hospices Civils de Lyon (HCL) and based at: • Center of Excellence in Respiratory Pathogens (CERP), Université Claude Bernard Lyon 1, Site Laënnec, 69008 Lyon • Laboratoire Commun de Recherche / bioMérieux, Hôpital Edouard Herriot, 69003 Lyon
En savoir plus :https://cerp-epi.com/2025/09/04/biostatistician-2/
Postdoc_AIRISE_EN_CERP.pdf
Contact :maxime.bodinier@biomerieux.com
PhD Position: Deep Generative Models of Physical Dynamics
Publiée le 11/06/2025 17:44.
Référence : PhD Position Deep Generative Models of Physical Dynamics, Sorbonne Université, Paris,.
Thèse, Paris.
Entreprise/Organisme :Sorbonne Universite, Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique (ISIR)
Niveau d'études :Master
Sujet :Abstract: AI4Science is an emerging field investigating the potential of AI to advance scientific discovery, with deep learning playing a central role in modeling complex natural phenomena. Within this context, deep generative modeling—which already enables the synthesis of high-dimensional data across modalities such as text, images, and audio—is now opening new avenues for simulating and understanding complex physical systems. This PhD project aims to explore and advance generative deep learning architectures—such as diffusion models, flow-matching networks, and autoregressive transformers—for modeling complex physical dynamical systems arising in domains such as climate, biology, and fluid mechanics. These models hold strong potential for learning flexible, data-driven representations of physical laws. By developing generalizable, cross-physics generative models, this research contributes to the broader vision of AI4Science: accelerating scientific discovery through learned simulation and abstraction.
Date de début :November or December 2025
Durée du contrat :36 mois
Rémunération :2200 per Month Gross Salary + possible teaching vacations
Secteur d'activité :Computer Science, Artificial Intelligence, Machine Learning
Description :This PhD project aims to explore and advance generative deep learning architectures—such as diffusion models, flow-matching networks, and autoregressive transformers—for modeling complex physical dynamical systems arising in domains such as climate, biology, and fluid mechanics. These models hold strong potential for learning flexible, data-driven representations of physical laws. By developing generalizable, cross-physics generative models, this research contributes to the broader vision of AI4Science: accelerating scientific discovery through learned simulation and abstraction. Research Objectives The overarching research question is: Can we develop generative models that learn structured, physically grounded representations of dynamical systems—enabling synthesis, adaptation, and generalization across physical regimes and multiphysics settings? It unfolds into several complementary directions: Latent Generative Models for Physical Dynamics The objective is to design generative models—such as diffusion, flow-matching, or autoregressive models—that learn compact and interpretable latent representations of spatiotemporal dynamics governed by PDEs. These models should: • Capture uncertainty and multimodality in solution trajectories. • Generalize across parametric variations. Learning Across Multiphysics Systems To enable transfer learning across heterogeneous physics, we will explore shared latent representations across families of PDEs: • Using encode–process–decode frameworks. • Applying contrastive or multitask training to uncover reusable physical abstractions. • Designing models invariant to space/time resolution and units. This direction builds toward foundation-like models that capture generalizable physics priors across simulation families. Few-Shot and In-Context Generalization to New Physics To support scientific modeling in data-scarce settings, we will develop methods for few-shot generalization such as: • Fine-tuning latent priors to new PDE systems using limited examples. • Exploring meta-learning and prompt-based adaptation techniques (inspired by in-context learning in language models). • Incorporating known physical constraints into the generative process. The goal is to enable rapid and physically consistent adaptation to previously unseen dynamics with minimal data and supervision. Position and Working Environment The PhD studentship is a three years position starting in October/November 2025. It does not include teaching obligation, but it is possible to engage if desired. The PhD candidate will work at Sorbonne Université (S.U.), in the center of Paris. He/She will integrate the MLIA team (Machine Learning and Deep Learning for Information Access) at ISIR (Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique). References Chen, W., Song, J., Ren, P., Subramanian, S., Morozov, D., & Mahoney, M. W. (2024). Data-Efficient Operator Learning via Unsupervised Pretraining and In-Context Learning. 1–21. http://arxiv.org/abs/2402.15734 Hao, Z., Su, C., Liu, S., Berner, J., Ying, C., Su, H., Anandkumar, A., Song, J., & Zhu, J. (2024). DPOT: Auto-Regressive Denoising Operator Transformer for Large-Scale PDE Pre-Training. Icml. http://arxiv.org/abs/2403.03542 Kassai Koupai, A., Benet, J. M., Yin, Y., Vittaut, J.-N., & Gallinari, P. (2024). GEPS: Boosting Generalization in Parametric PDE Neural Solvers through Adaptive Conditioning. NeurIPS. https://geps-project.github.io/ Kirchmeyer, M., Yin, Y., Donà, J., Baskiotis, N., Rakotomamonjy, A., & Gallinari, P. (2022). Generalizing to New Physical Systems via Context-Informed Dynamics Model. ICML. McCabe, M., Blancard, B. R.-S., Parker, L. H., Ohana, R., Cranmer, M., Bietti, A., Eickenberg, M., Golkar, S., Krawezik, G., Lanusse, F., Pettee, M., Tesileanu, T., Cho, K., & Ho, S. (2024). Multiple Physics Pretraining for Physical Surrogate Models. 1–25 http://arxiv.org/abs/2310.02994 Serrano, L., Wang, T., le Naour, E., Vittaut, J.-N., & Gallinari, P. (2024). AROMA : Preserving Spatial Structure for Latent PDE Modeling with Local Neural Fields. NeurIPS. Serrano, L., Kassai, A., Wang, T., Erbacher P., Gallinari, P., (2025) Zebra: In-Context Generative Pretraining for Solving Parametric PDEs. Zhou, A., Li, Z., Schneier, M., Buchanan Jr, J. R., & Farimani, A. B. (2025). TEXT2PDE: Latent Diffusion Models for Accessible Physics Simulation. ICLR.
En savoir plus :https://pages.isir.upmc.fr/gallinari/open-positions/
2025-05-01-PhD-Description-Generative-models-Physics.pdf
Contact :patrick.gallinari@sorbonne-universite.fr
Ingénieur(e) Data Analyste en pharmacoépidémiologie
Publiée le 19/05/2025 09:45.
CDD, 270 boulevard de Sainte Marguerite, 13009 Marseille.
Entreprise/Organisme :Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille
Niveau d'études :Master
Date de début :Dès que possible
Durée du contrat :1 an renouvelable
Rémunération :https://www.emploi-collectivites.fr/grille-indiciaire-hospitaliere-ingenieur-hospitalier-ih/4/101.ht
Description :Grade et contrat Ingénieur hospitalier (rémunération selon expérience conformément à la grille correspondante) CDD 1 an renouvelable CA et RTT Poste à pourvoir dès que possible Site et service Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille Hôpital Sainte Marguerite 270 boulevard de Sainte Marguerite, 13009 Marseille Service de pharmacologie clinique et pharmacovigilance (cheffe de service : Pr Joëlle Micallef) Unité de pharmacoépidémiologie Organisation du temps de travail et horaires • Poste de jour : Oui • Poste à repos fixe : Oui • Poste à temps plein : Oui • Possibilité d’évolution du poste : Oui • Amplitude horaire du service : 8 h 30 – 19 h 00 • Horaires du poste : 9 h 00 – 17 h 00 avec pause déjeuner, du lundi au vendredi, hors samedi, dimanche et jours fériés Missions générales de l’emploi Le poste à pourvoir est un poste d’ingénieur avec une compétence de Data Analyste pour des projets de pharmacoépidémiologie. Ces projets portent sur l’évaluation de l’utilisation, du mésusage et des risques des médicaments psychoactifs, à partir du Système national des données de santé (SNDS). Ces projets sont coordonnés par le Service Hospitalo-Universitaire de Pharmacologie Clinique et Pharmacosurveillance de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille qui a une expérience de plus de 20 ans pour la recherche et la conduite d’études en pharmacoépidémiologie. La personne recrutée sera en charge du traitement des données du SNDS, en lien direct avec les porteurs du projet. La personne suivra les formations règlementaires pour accéder au portail sécurisé du SNDS (REQ-054-AM, REQ-256-AM et REQ-254-AM ; cf ci-dessous), afin de réaliser le data management et les analyses statistiques. Activités principales • Constituer les jeux de données exploitables à partir de données brutes extraites du SNDS, en fonction des analyses prévues dans le protocole • Construire les variables nécessaires à l’analyse à partir des informations contenues dans les différentes tables d’intérêt et en vérifier la cohérence • Effectuer les analyses statistiques prévues dans le protocole, vérifier les conditions d’applications et proposer des alternatives • Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d’articles • Veiller à la reproductibilité et à la documentation des traitements réalisés Formation et expérience requises • Master ou doctorat en pharmacoépidémiologie, épidémiologie, statistiques, bio-informatique ou santé publique • Expérience appréciée dans l’utilisation des données du SNDS à des fins de recherche, en particulier dans le domaine de la pharmacoépidémiologie Qualités requises • Travailler en équipe et interagir avec différents interlocuteurs (pharmacologues, pharmacoépidémiologistes, médecins, pharmaciens, partenaires scientifiques) • Capacité à apprendre et s’adapter (langages informatiques, méthodes statistiques et de pharmacoépidémiologie) • Sens de l’organisation et de la planification • Autonomie • Raisonnement analytique • Curiosité intellectuelle Connaissances souhaitées ou engagement à les acquérir • Formations « Architecture et données du SNIIRAM/SNDS » (REQ-054-AM, 1 jour, e-learning), « Données d’extraction DCIR pour les accès sur projet » (REQ-256-AM, 2,5 jours, Paris) et « Initiation au PMSI à travers le SNDS » (REQ-254-AM, 3 jours, Paris) pour accéder au SNDS • Traiter des données, manipuler et requêter une base de données volumineuse • Programmer dans un environnement informatique contraint (portail sécurisé du SNDS) • Langages informatiques SQL (Oracle) et R (RStudio), éventuellement SAS (Entreprise Guide) • Statistiques multivariées, analyse de données censurées (modèle de Cox, variables dépendantes du temps), analyse de séries chronologiques (ARIMA) • Connaissance du SNDS • Connaissance en pharmacoépidémiologie ou en épidémiologie • Lecture de l'anglais scientifique et technique Modalités de candidature CV et lettre de motivation à thomas.soeiro@ap-hm.fr et joelle.micallef@ap-hm.fr
En savoir plus :https://fr.ap-hm.fr/service/pharmacologie-clinique-et-pharmacosurveillance-hopital-sainte-marguerite
Ingénieur(e) Data Analyste pour un projet de pharmacoépidémiologie 20250516.pdf
Contact :thomas.soeiro@ap-hm.fr

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